培菌前中期  对于接种孔封口的菌棒，在接种后的10～25天，菌丝在一定的外界条件下缓慢生长，当接种口菌丝生长至直径6～8cm大小时进行第一次刺孔通气；而对于接种孔没有封口或用套袋封口的，因氧气可以从接种孔进入，刺孔的时间则可以适当往后推，一般可在接种孔一面菌丝连接在一起时进行第一次刺孔通气。刺孔方法是用约5厘米（1.5寸）长的铁钉或竹签在每个接种孔的菌丝生长末端以内2厘米处刺孔一圈，孔数6～8孔，整段菌棒的刺孔总数15～24孔。菇农习惯上把这一时期的刺孔通气称为通“小气”。

    培菌后期  在菌丝已长满全袋至开始转色前的这一培菌期，菌丝生长极为旺盛，菌丝总量增长极快，对氧气需求也是成倍增长，此时必须加大刺孔量，以增加氧气供应，满足菌丝生长要求，菇农称这一时期的刺孔通气为“放大气”。“放大气”一般在菌丝长满全袋后的5～7天时进行，刺孔时，环境温度应在２０－２５℃之间。在实际生产中，大部分菇农是把菌棒挑到室外遮荫棚里越夏时进行刺孔通气的。通风条件较好的发菌室，也可放在室内进行刺孔，但要分批进行，并注意疏散通风。

    刺孔前应事先制作一个钉耙状刺孔器；选一块厚1.5厘米、宽5～6厘米、长50厘米的木板，一端削成手柄，另一端35厘米范围内钉上6.6厘米（2寸）铁钉2排计20枚，此刺孔器一次可在菌棒上刺20个孔，提高了工效。每段菌棒的打孔数量和深度要根据实际情况灵活掌握。这期间有些菌棒因缺氧和见光，表面形成瘤状物，若任其发展会把筒袋顶破，这时除对窗户进行遮光外，需沿瘤状物外围用5厘米（1.5寸）铁钉或竹签刺孔一圈，数天后瘤状物就会软化，该部位整块转成褐色菌膜。如室内温度在28℃以上，一般不应刺孔通气，超过30℃时严禁刺孔通气，否则极易造成烧菌、闷堆和烂筒。

    刺孔数量和深度可根据实际情况灵活掌握，最终目的是使菇木在出菇前菌膜转色厚薄适宜、含水量适中，使出菇前每段菇木重量保持在1.3～1.4千克左右。因此，对于含水量高（偏重）的菇木，可适当增加刺孔通气，孔也可深点，以加速水分散发，偏轻的菇木可提前移至湿度较高的菇棚中，刺孔后平放于地面，让其自然吸收水分，以期达到适宜的含水量。一般说来，每段菇木的刺孔数量应控制在100孔以内，以60～70孔最为适宜。