原种和栽培种成品体积大数量多，专业菌种场应建专门冷库用于菌种贮藏，通常菌种的贮藏温度在1℃，在1℃条件下，菌种可整个包装进行贮藏2~3月。非专业菌种场和个体食用菌栽培者要尽量创造低温、洁净、干燥、黑暗的条件，保藏暂时不用的原种和栽培种。原种和栽培种长满后，在室温下可自然贮藏10~15d，不影响使用效果，如超过这个期限，则需要创造条件贮藏。原种和栽培种贮藏要注意如下几点：一、场所洁净、干燥、通风、避光。二、不要与化肥、农作物等生产物资混放，以防对菌种产生不良影响。三、贮藏场所要尽量减少或避免人事活动和出入。四、菌种不可堆积乱放，要适当分散，以利散热、散湿。五、贮藏期间不要中途改变场所，以减少搬运而造成的破损和污染。六、场所使用前要进行灭虫处理，以免害虫浸袭菌种而造成菌种损失和栽培期间的虫害。