食用菌菌种保藏可有效保持其优良种性，延长优良品种使用的年限，因此，它与新品种的选育具有同等的重要性，是食用菌生产中的一个必不可少的重要环节。
　　井底低温贮藏　将要贮藏的试管母种，用无菌橡皮塞蘸石蜡封口，装入密闭的大口瓶子里或塑料袋中扎紧，沉入井底贮藏，可贮藏2～5个月。
　　石蜡封口贮藏　把蜡纸裁成6～8厘米见方，放入75％酒精中浸泡l分钟。将已培养好试管种的管口在酒精灯火焰上方旋转灭菌后，用镊子取出蜡纸，扎紧管口。再将包好蜡纸的管口浸入熔化的石蜡中，将蜡纸完全浸入，使蜡纸紧紧封包在管壁上，绝不漏气。待石蜡冷却凝固后，置冰箱或室温下保存。
　　玻璃纸封口贮藏　用明胶15克(粘合剂)，硫酸铜2克，美蓝1～2滴(指示剂)，溶于100毫升热水中，配制成封口剂。将新长满的母种拔去棉塞，管口朝下，蘸上封口剂，贴上用95％酒精浸泡过的玻璃纸，用石蜡熔封。在室温下，菌种至少可保存8个月，并能防止霉菌或螨的浸染。在斜面注入无菌矿油(液体石蜡)，可大大延长贮藏时间。