鲜菇一经采收，须整齐排放在小型矮装容器内，并尽快送往低温车间进行整理。容器体积为长×宽×高＝40×28×16厘米，其形状如周转箱，底部实板，四周预设直径约2-3厘米左右圆孔，底下四角均有内缩插接角块，以便于码高多层。鲜菇采收时顺头排放，不使头尾相接，以免造成污染。低温车间内温度为1-3摄氏度，可将普通恒温冷库改造后利用，连同其他包装容器均存放于车间内，以使彻底降温。鲜菇成箱搬入车间后分开摆放，不得再码高多层，以便于菇体充分降温，该环节对于气温高于15摄氏度时采收的鲜菇尤为重要。整理的工具为：薄片不锈钢刀或竹片刀，以及小包装封口、打箱等设备。
    先用小刀将鲜菇基部削净，去掉泥土、基料等杂物，鳞片多时应一并除去，一般不用水洗，否则缩短产品货架寿命。待菇体内部降温至3摄氏度以下时，即可分装。一般可用泡沫质地的饭盒样式，制作为高约5厘米左右单盒，每盒约装鲜菇150克左右。若禁销塑料包装，可定制纸质盒。鸡腿菇一般适宜（长×宽×高，下同）16×10×4厘米规格的包装；姬松茸适宜15×10×6厘米规格；真姬菇、杨树菇等适宜16×8×4厘米规格。根据鲜菇形态及规格大小确定排放方式，然后封包保鲜膜。将小包装盒再装入泡沫保鲜箱内，每箱可装36盒，透明胶带封口即成。
    另外，短期贮存和运输时还可使用冰块降温保鲜或冷藏车运输等方法，冷藏温度控制在1-3摄氏度即可。