袋栽平菇在发菌期，通常存在袋内发菌速度不一致、发菌期过长、污染率高、出菇期菌墙稍高易倒、采收二茬菇后菌袋失水严重补水困难等问题，严重影响产量和品质。近年来在生产上研究成功了平菇微孔发菌、渗灌出菇新技术，有效解决了上述问题。
    微孔发菌。培养料的选择、配料、拌料、发酵等同常规，不同点是在装袋前用缝纫机在菌筒上面扎三层针眼，作为菌丝生长期供应空气的微孔通道。或在常规装袋后，待菌丝萌发时用针在菌种层处扎眼。
    渗灌出菇。菌丝发满袋后，用刀子纵向做三个长方形的口子，每个口子宽5～8厘米、长20～25厘米，在做口子时刀子不要伤害菌丝。然后将做好口子的出菇袋移到出菇场所，一层袋子一层泥堆码菇袋，高度以1.5米为限，最上层泥要厚些，并做好水沟。堆积出菇袋前，先用砖垒个底盘，防止出菇时溅上泥沙等杂物。此法的原理是利用泥的传水性和保水性作为供给菌袋出菇失水而补水的“蓄水池”，利用菌袋上的口子，将泥中的水渗灌到菇袋中。在出菇时水沟要灌满水，采菇后每天灌水1～2次，其它管理同常规。 采用微孔发菌、渗灌出菇法，能使平菇发菌期提前10～15天，污染率降低5～10倍，菌丝生长同步，菌龄一致，出菇整齐，易于管理。菌袋出过两潮菇后也不用浸泡补水，既防止了由于浸泡而损失培养料的养分，又减轻了劳动强度，提高了产量和品质。