1.持续高温。双孢菇在秋菇生产过程中，温度由高到低，适合子实体的生长发育。但由于气候有时反常，尤其是春菇生长期间，气温突然升高，菇棚连续几天温度达到21～25℃，致使菇床水分蒸发和菇体新陈代谢加快，水分和营养供应不上。幼小菇蕾形成不久，如果温度过高，不利于子实体的发育而有利于菌丝体继续生长，已形成的小菇蕾营养倒流回菌丝体，导致小菇蕾枯萎死亡。
　　2.通气不良。如果菇棚长期通风不良，氧气不足，二氧化碳浓度过高，子实体发育的代谢热不能迅速排除，影响着子实体的正常生长发育，就会导致部分幼菇死亡，特别是高温时死菇更为严重。
　　3.养分不足。子实体的发育是靠菌丝从培养料中吸取养分供给，如果培养料的养分不足，势必会影响小菇的正常生长发育而导致死菇现象的发生。
　　4.用水不当。蘑菇生长发育需水量较大，不同时期对水的要求不同。秋菇前期子实体多，气温高,造成覆土层和培养料水分蒸发量大，幼菇得不到应有的水分供应，就会枯萎死亡。出菇水或保菇水喷施过量，水分渗漏到培养料，使料层上部积水导致菌丝死亡，培养料发黑发臭，造成土层小菇养分供应不上而枯萎。高温时喷关门水，使菇棚相对湿度在95%以上时，往往造成氧气不足而使小菇窒息死亡。
　　5.菌丝老化。菌种无性繁殖代数过多会引起生活力下降，抗逆性较差，在出菇期间遇到不利因素的影响容易导致幼菇枯萎。原种、栽培种在制作培养过程中出现培养料不适，高温培养或菌龄过长等都将引起菌丝退化衰老，生活力下降，菌丝体内养分积累不足而导致菇蕾萎缩死亡。
　　6.酸碱度不适。蘑菇菌丝生长适宜酸碱度为6～8,在出菇期间，覆土层和用水的酸碱度都在5以下就会导致菇蕾死亡，因酸性环境会影响菌丝细胞内的酶活性，细胞膜的透性及其对金属离子的吸收能力，从而造成营养不足。
　　7.出菇过密且部位过高。第一二潮菇出菇过密，在采菇时由于震动或机械损伤，会使部分小菇死亡。出菇前若菌丝生长太快，很容易形成高位菇,在土表形成过密的子实体，由于营养不良和喷水的冲击，也会使部分小菇死亡。
　　8.病虫危害。常见病虫危害造成死菇的种类有真菌性猝倒病、细菌性病害干腐病等。害虫有螨虫、果蝇类、瘿蚊类的幼虫，在生产上要认真区别对待杂菌、虫害和生理性病害引起的死菇现象。
　　9.滥用农药。出菇期间过量施用农药也是发生大量死菇的一个原因。