双孢菇的保鲜方法主要有气调保鲜法、低温保鲜法、速冻保鲜法和盐水保鲜法。
    一、气调保鲜法。室温条件下，采用有透气性的塑料袋包装，袋内氧气控制在1％左右，二氧化碳控制在10％～15％，可使双孢蘑菇一周内色泽新鲜，品质上佳。 
    二、低温保鲜法。低温能保持菇体的新鲜和优良品质。采收后，90％～95％的相对湿度，0～3℃的温度为最适宜贮存环境。保鲜期间，要求温湿度相对稳定，不宜多变或骤变。 
    三、速冻保鲜法。100℃沸水中添加0．3％柠檬酸，之后按100公斤沸水一次投入15公斤鲜菇，烫煮90～150秒，并随时搅动使菇体受热均匀，体表呈淡黄色，具有弹性和光泽，熟而不烂。烫煮后的菇体及时用10～20℃冷水冲淋，再移入3～5℃流动冷水池中继续降温，然后送至冷库。并使冻菇的中心温度保持在－18℃以下，可长时间保持双孢蘑菇原有的品质与风味。 
    四、盐水保鲜法。杀青烫煮后的双孢蘑菇立即置于波美度18的食盐溶液中浸泡。具体操作是，存250公斤20％食盐溶液中倒入25公斤烫煮菇，然后继续添加精盐封面，数天后再添加适量精盐，拌匀并使波美度达18度，经4～6天盐分、酸碱度稳定后即可上盖封存保鲜。