猴头菇在栽培过程中，常由于通气不良，水分管理不当，或温度过高，湿度偏低等原因，引起子实体发育不良产生畸形。如生长中片面强调湿度，通风透气差,二氧化碳浓度超过0.1％时，就会不断刺激子实体基部产生分枝，形成珊瑚状，以致不能形成球状子实体，影响产品质量。若遇25℃以上的高温，加上空气湿度低时，则易出现不长菌刺的光秃形子实体。
防止和克服畸形猴头菇的主要办法是：出现珊瑚状子实体时，应加强通风透气，促进子实体健壮生长，其症状就能很快消除，对已形成珊瑚状的幼蕾，应立即将它连同表面的一层培养料一起挖去，条件适宜就能长出正常的子实体。产生光秃形于实体时，则要加强水分管理，采用向空间喷雾化水或地面洒水；以降低温度和补充水分。此外，由于菌种传代次数过多，种性退化，产生畸形猴头菇时，应采取提纯复壮，培育优良菌种，提高种性和纯度。