黑木耳在贮藏方面,原则上按大、中、小和好、中冷柜、差分装，应剔除碎片、杂物等。或混装，采用无毒塑料袋装好，扎紧袋口，密封放置在木箱或木桶内，贮藏在干燥通风室内（大多采用此法）。在贮藏过程中主要注意以下方面：
    杜绝虫源。为害木耳的害虫有长角谷盗、白蚁、谷蛾等。常常在仓库缝隙，杂物、包装物等处越冬，因此在贮藏木耳前，应清除室内杂物和室外杂草，并用80％的敌敌畏乳油进行空仓消毒。一般按每平方米0.20至0.30克，用纱布条浸药液挂于室内，密闭2至3天，然后通风1天，即可装耳入仓。最后在仓库周围撒施石灰粉、马拉硫磷等，防止室外害虫进入室内。
    防止受潮。木耳受潮后，极易导致虫害。因此，进库前必须干燥处理，使木耳含水量不超过12％，并摊晾装入塑料袋或铝罐中，密封后置于衬有防潮纸的木箱或纸箱内，箱内可放入干燥剂如干木屑，生石灰等防潮每隔10至15天检查1次，若干燥剂已吸湿，应取出晒干或烘干后再放入箱内，若木耳回潮，应及时重新烘干。
    及时杀虫。如果贮藏期间发现害虫，应采取措施及时杀除。一是将木耳在强光下曝晒1天或采用烘干机在50摄氏度左右经40分钟即可杀灭害虫；二是密封仓库持续20天以上可全部杀死害虫；三是在仓库采取抽出氧气流入氮气，或向室内灌注二氧化碳气体等使室内含氧量降至2％以下，经两天，害虫窒息而死，此法防病可达100％。
    闭仓熏蒸。在木耳贮藏期害虫大量发生时，应采用熏蒸剂对仓库熏蒸。此法短期内见效明显，常采用的熏蒸剂为磷化铝。一般每立方米空间用6至9克，分散放于仓内，12摄氏度以上密闭96小时，熏蒸结束后通风散气10天以上即可。