食用菌的病害主要分为竞争性杂菌、真菌性病害、细菌性病害、病毒性病害和生理性病害等，主要危害最多的是竞争性杂菌。生产中应遵循以农业预防为主，药剂防治为辅的综合防治方针。
一、竞争性杂菌及防治
竞争性杂菌有细菌、酵母菌、霉菌等9种杂菌，其中危害最大的是霉菌。霉菌主要分为绿霉、青霉、毛霉等。霉菌主要防治措施：
1.搞好制种和栽培场所的清洁卫生，加强通风换气。
2.掌握好空气湿度和温度。
3.培养料发酵彻底，搞好培养料的消毒，生产过程中采用无菌操作。
二、几种主要真菌性病害及防治方法
1.干泡病 做好菇房消毒；培养料和覆土材料应灭菌处理；及时防治虫害和螨害；一旦发病喷施500倍的多菌灵或500倍的甲基托布津。
2.白腐病 培养料进行二次发酵；覆土消毒是控制白腐病的关键，最好以60-70℃蒸汽消毒覆土30分钟。覆土后和出菇前菌床可喷洒多菌灵、甲基托布津和疣孢净500-1000倍液进行防治。
3.软腐病 主要危害金针菇、平菇等。培养料进行二次发酵；覆土消毒；加强通风换气，降低土表和空气湿度；发病后喷施500倍甲基托布津或代森锌液。
4.猝倒病 主要危害双孢菇、平菇等。选择干燥、无霉变料，减少病菌来源；覆土蒸汽消毒；培养料要高温发酵和进行后发酵；平菇应低温发菌和采用发酵料。
三、细菌性病害及防治方法
1.细菌性斑点病 可侵染双孢菇、金针菇、平菇等。空气湿度宜控制在85%-90%，每次喷水后窑通风1小时，防止菇盖表面积水潮湿；发病后及时清除，喷施100-200国际单位的链霉素或0.1%克霉灵。
2.黄色单孢杆菌病 主要危害双孢菇。防治中主要搞好培养料二次发酵和消毒；发病后喷施四环素、青霉素有一定的抑制作用；尽量减少温差和防止低温，以免菇面凝结水滴。
四、生理性病害
食用菌生理性病害是一种非病原性病害，主要是由于对环境条件(如温度、湿度、CO2浓度)，操作方法以及化学因子(如农药化肥、pH值)的不适宜引起的。一旦条件改善，便可恢复正常生长。不同品种的食用菌生理病害也不尽相同，所以在生产中要严格遵循食用菌的生理特性来管理。
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