1、木霉绿霉（青霉）和链孢霉。在培养料上，灵芝菌柄生长点和菌盖下面的子实层均易受伤害。青霉初期的菌丝为白色，松絮状，产生分孢后，为浅绿色或蓝绿色。木霉初期菌丝为灰白色或白色浓密棉絮状，不久便产生黄粽色、黑色或深绿色的分生孢子。绿霉的繁殖力强，在灵芝的发菌期被浸染后，菌丝生长受到抑制，严重时不能产生子实体。子实体被侵染后，严重时会腐死。
　　链孢霉在高温高湿的夏季危害猖獗，主要在培养料袋口和子实体根部及边缘蔓延极快，产生大量的桔红色粉状孢子。对于杂菌的防治，可选用克霉灵注射，子实体可用克霉灵加石灰擦洗或覆盖，严重时可以清除、火烧或深埋。　　
　　2、菌蝇。菌蝇产卵于培养料的表面。几天后便孵化成蛆，蛆钻入培养料内破坏菌丝体，后期危害子实体，取食组织。菌蝇及其他害虫都要做到以防为主，在培养袋进棚前要作内外喷酒0.2%乐果或0.2%敌杀死处理，以彻底杀死虫体。