发生侵染的病虫种类多，危害重。据初步统计，侵染培养料、菌丝体和菇体的杂菌、病菌和害虫种类达100多种，各种病菌和害虫在不同的季节，以不同的方式与食用菌争夺营养，侵害菌丝和菇体。
    病虫害防治措施：①选用优良品种和优质菌种。选用适合当地栽培条件、抗病虫能力强的优良品种。②选用纯正、菌龄适宜、生命力旺盛的菌种，以保证接种后恢复快、吃料快，抗病虫能力增加。③选用优质原料。使用新鲜、干燥、无霉变、无虫蛀的原料，培养料的选择和配制，要充分考虑到栽培品种的生长发育需要，从而抑制杂菌，提高抗病能力。同时，要做好培养料的贮藏和保管，防止培养料受雨淋，导致发霉、变质。④搞好栽培场所的环境卫生，菇房要远离饲养场、垃圾堆、粪便池，而且要接近水源，通风向阳，门窗及通风口要安装防虫网。种菇前，菇房内外要进行1次彻底的清理和消毒。生产中的废料应运到远离菇房的地方，生产场所做到无杂物、无污水、无废料。⑤严格执行操作规程。生产中，操作人员要严格按照栽培中的操作规程操作，尤其是接种过程，生产场所、接种工具、菌种和培养料包装物、接种人员都要认真消毒，保证在无菌条件下操作，并要求接种快速，高效。⑥创造最佳生长发育条件。在栽培管理中，应根据各品种对其生长发育条件的要求，对温度、湿度、光线、酸碱度、营养成分、通气条件进行科学管理，使整个环境条件适合该品种的生长发育，从而减少病虫和杂菌的滋生。