1. 褐腐病
又称白腐病、水泡病，主要危害草菇、双孢菇等的子实体。
若覆土被污染，在覆土上喷50%多菌灵或70%甲基托布津500倍液，可杀灭病菌孢子。发病时立即停止喷水，加大菇房通风量，将室温降至15℃；病区喷洒50%多菌灵500倍液，也可喷1%～2%甲醛溶液灭菌。发病严重时，可去掉原有覆土，更换新土，将病菇烧毁，所用工具用4%甲醛溶液消毒。
2. 绿霉菌
主要危害香菇、黑木耳、银耳、双孢菇等。初染病时，可用pH值为10的石灰水擦净料面。菌块上出现绿霉时，要及时用多菌灵800倍液擦洗。
3. 菇蝇
出菇以后发现菇蝇，只能喷洒除虫菊酯，或杀灭菊酯溶液（此法也适用于消灭菌蛆）。
4. 菌螨
又称菌虱，主要危害香菇、黑木耳等。
虫体很小，肉眼不易见到，多在料面或土粒上集中成团，呈咖啡色。发现菌螨时，可每平方米喷洒500毫升0.5%敌敌畏溶液进行防治。黑木耳上的菌螨，可用20%可湿性杀螨矾800倍液喷雾防治。
5. 蛞蝓
又名鼻涕虫，主要危害香菇、银耳、平菇、黑木耳、双孢菇等。
多为白天潜伏，夜晚出来咬食子实体，会影响菌菇产量。可在傍晚蛞蝓活动的地方喷洒来苏水，或在其爬行过的路线上洒高锰酸钾溶液。也可在蛞蝓活动处，用5%的食盐水喷洒，或每隔3—4天撒1次石灰粉。
6. 线虫
线虫是一种无色的小蠕虫，体型极小，长1毫米左右。主要危害双孢菇、香菇、黑木耳、平菇等。
可从春天出耳芽时起，用1%石灰水上清液，或5%食盐水溶液喷洒黑木耳，并在地面上撒石灰粉即可。局部发现线虫，要将其周围的培养料一起挖掉，并用0.1%碘化钾溶液喷洒。
7. 跳虫
又叫烟灰虫，成虫灰色或紫色，若虫白色，可危害多种食用菌的菌丝和子实体，在高温潮湿条件下繁殖快，1年可发生5—7代。主要危害香菇、黑木耳、银耳等。
床面出菇后发生跳虫时，可用2.5%鱼藤精乳油或20%除虫菊酯800～1000倍液杀灭。
8. 伪步行虫
俗名黑壳子虫，其幼虫叫鱼儿虫，主要危害黑木耳。3—5月发生时，可用80%敌敌畏液喷洒耳场及其四周地面，或每次采耳后喷一次鱼藤精500一800倍液。
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