食用菌在运输期间既要控制呼吸作用也要保持食用菌正常的新陈代谢，防止发生有害代谢。多数食用菌，如香菇、平菇、鸡腿菇等，在气温低于15℃时，可用普通车运送，高于15℃时须用冷藏车（1～3℃）运送。远途销售或出口的鲜菇必须考虑运输所需的时间和商家的销售时间。香菇保鲜有效期因气温升高而缩短，气温在1℃时可保鲜18天，6℃时可保鲜14天，14℃时可保鲜7天，20℃时可保鲜4天。而高温菇类草菇，不可低温运输，只能在15～20℃保存和运输。