1. 平菇青霉病防治
平菇青霉病，幼菇染病后从菇顶部向下呈黄褐色枯萎，且逐渐停止生长，表面还会出现绿色粉状霉层。另外还会传染给邻近的正常菇，从而导致正常菇染病。
防治方法：菇床和菇房要做好管理，尽量保持良好的通风条件。温度、湿度和酸碱度要保持适宜，采收产品后要及时对菇床、菇房进行清理，残留的菇根部和瘦弱的幼菇，要及时清除掉。可选用25%多菌灵，或70甲基托布津对菇床喷施，起到及时杀灭青霉菌的作用。
2. 平菇软腐病
平菇软腐病是平菇常见的病害，染病平菇会呈淡黄褐色水浸状软腐，通常从菌柄基部开始逐渐向上发展，也有从菌盖开始发生的。软腐后的子实体表面黏滑，一般没有恶臭味。
防治方法：始终保持菇床和培养料表面不积水；温度升高时，要及时喷水降温，并及时通风换气，子实体成熟后及时采收；在菌丝生长阶段和出菇阶段，要重点预防菇蚊、菇蝇的发生，防止对子实体的危害，传播此种病害。
3. 平菇病毒病
平菇病毒病在生产中也是比较常见，发生后不容易防治。平菇染此病害后，子实体菌柄肿大，会变成近似球形或烧杯状，菌盖较小或没有菌盖，菌柄呈弯曲、扁平状，表面会有瘤状突起或凹凸不平，菌盖是波浪形的；在菌柄和菌盖上会出现明显的水浸状条斑或条纹。
防治方法：培养料和菇房一定要严格做好消毒工作，并选用健康的培养料和菌种接种；生产结束后及时清理，并消毒生产场地。如果选择地面埋土栽培，要防止带病毒的平菇孢子落入床面，接种之后用塑料薄膜覆盖床面。
4. 菇蚊
菇蚊在平菇生产中很常见，它主要是以幼虫进行危害的。幼虫吃掉菌丝影响菌丝正常生长，另外还会吃掉培养料，将菌柄咬成空洞，使平菇完全失去商品价值。
防治方法：防治菇蚊的关键步骤就是防止虫源。点菌前，菇房一定要彻底密闭熏蒸消毒，门窗要安置防虫网，杜绝一切害虫的进入。采收一次产品，及时清理菇房和培养料，并利用黑光灯诱杀成虫。发生严重时，采收成菇后可喷施菊酯类杀虫剂来防治。
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