双孢蘑菇收获后，在贮藏期间，仍处于一个不断新陈代谢过程中，其水分的变化、氧化的发生、细菌的繁殖和害虫的发生。
1、培养料堆积发酵
预堆：正式发酵前3天对粪草进行预湿，草料堆宽4m，高1.5m，长度不限，同时按“下层不加，中层少、上层多”的原则将尿素的1/2分层撒于各草层;粪打碎过筛，堆成宽2m，高0.5m的梯形码堆，含水量60%;油渣打碎或粉碎后，用2%甲醛溶液喷洒潮湿后用薄膜覆盖消毒。
建堆：预堆3d后，将预堆原料分成10份，按一层草料、一层粪、一层油渣逐层向上堆积。堆宽2.3m、高1.5m，长度不限。每层草料厚约30cm，粪层厚度以盖没草层为度，同时将尿素的1/2和石膏粉、过磷酸钙的1/3按“下层不加，中层少、上层多”的原则分层撒铺于各草层。水分按“底层少、上层多”的原则，以堆建成后底部有少量水渗出为宜。堆形应保证四边垂直，整齐，顶部龟背形，并用牛粪覆盖，雨天注意盖薄膜防雨，雨后及时揭膜。
翻堆：当堆温开始下降时，间隔天数大致7d、6d、5d、4d、3d分别进行第一、二、三、四、五次翻堆。第一次翻堆时水份加足，第二、三次翻堆时适量加水，以后翻堆不加任何形式的水。石膏粉、过磷酸钙在第二次翻堆时加完;石灰从第二次、第三次翻堆时开始添加，ph值7.5。堆宽随翻堆次数的增加，逐渐由 2.3m缩减到2m，高1.5m。
2、培养料进棚、播种及管理
培养料进棚：培养料发酵结束后，及时运进消毒好的菇棚内，铺滩在事先准备好的床面上，均匀摊放，厚度20-25cm，捡除杂物，打开通风孔排除农药，二氧化碳等有害气体。
播种：播种时料温应在24℃左右。选取菌龄40d左右的优质菌种进行播种。粪草种采用穴播法，穴距8厘米，菌种块核桃大小;麦粒种采用撒播法，先用75% 的菌种均匀撒在料上，用小耙轻抖使菌种嵌入培养料内，再将25%的菌种撒在表面，轻轻拍平料面。每平方米用菌种3瓶(250g/瓶)。播种完毕后，若培养料较干可用地膜覆盖，若培养料较湿时，可用报纸覆盖。
发菌管理：播种后，维持温度20～24℃，暗光，空气新鲜。前三天内，紧闭菇棚，以保湿为主，以促进菌丝萌发吃料，3天后随着菌丝生长，逐渐加大通风量。正常情况下，播种7～10天，菌丝基本上长满料面。约18～20天左右，菌丝吃料2/3接近料底时及时覆土。
3、培养料覆土及覆土层的发菌管理
覆土选取与消毒：选取无污染源的菜园土或耕作地土，挖去表层约8cm的表土弃用，选取耕作层内40cm的土壤作为覆土，日光暴晒杀菌后，将土块打碎成 1.5cm以下的土粒。覆土前再将土粒在太阳光下暴晒1～2d，然后用1～2%的石灰水溶液喷湿，使pH值达到6.5～7.5，含水量达到 65%～75%。结合喷水用2%的甲醛与500倍敌敌溶液拌土，覆盖塑料膜，堆闷12～24h，然后摊晾，排去甲醛气味。
覆土方法：覆土前1-2天将料面整平，若料面较干，可喷施3%石灰水调湿，促使菌丝向上生长。采取一次性粗细土混合覆土方式，覆土厚度掌握3.5cm，薄厚要均匀。
覆土层发菌管理：覆土后，继续维持温度20～24℃，暗光，空气新鲜。同时按少量多次的原则，每天每隔2h向土面、空间喷雾状水保湿(每次每平方米不超过 500g)。覆土层含水量以65%～75%为宜(以手捏土壤成团、不板结、不粘手)，空气相对湿度以75～80%为宜。约15d左右，当菌丝快要长上土层表面时，用小耙将表土轻轻搔动一次(搔菌)，待菌丝长透覆土层，及时进行出菇管理。
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