危害高温双孢菇最主要的虫害有菇蚊、跳虫和螨虫，病害有胡桃肉状菌。控制发菌期病虫害最有效的方法是用药剂拌料：每100公斤培养料用高温食用菌栽培防虫拌料剂夏菇宁10克对水10公斤喷洒，边喷洒边翻料边进床接种。除上述措施外，还应采取以下措施：

　　1.对虫害的防治。在覆土后，结合喷洒调菇水，在水中掺入菇虫净杀虫剂1000倍液和拌料剂1000倍液，用以控制出菇期虫害。当温度上升至20℃以上、有菇蚊成虫在菇床上活动时，要用菇虫净或氯氰菊酯喷杀成虫。对菇床的四周、墙面和地面都要喷湿，才能有效地杀灭成虫，减少下一代幼虫数量。

　　2.对病害的防治。胡桃肉状菌的病源孢子来自土壤，要有效控制该病害，首先覆土材料不要用曾施过废菇料的田土，而应到水田内挖取干净中层土，敲碎晒干，在使用前5天用多菇丰500倍液喷雾，喷后闷5天再用。在出菇期，如土面出现隆起不规则的菌块、周边蘑菇减少的情况，就要及时扒开土面检查培养料。如培养料变色、有异昧，则有可能出现胡桃肉状菌，当确定后应及时清除杂菌处的土壤和培养料，并在患病区重喷多菇丰300倍液和菇菌清100倍液，喷后让其自然干燥。1周后再补土浇水催菇。