金针菇不耐贮，采收后需尽快处理，暂时存放时应放在低温黑暗处，将菇体摊薄，禁止堆积，严禁向菇体洒水。冷藏的金针菇应在菌盖轻微展开时采收。采收过迟，菌柄基部变褐，且绒毛增多而影响质量。采收后及时剪去蒂头和过长的菌柄，按品质、大小、成熟度分成不同的等级。分级后的金针菇用塑料膜真空包装，密封后低温贮藏，温度在1℃时可贮藏20d，7～8℃可贮藏10d。