1、菌种选用不当：秋季栽培香菇宜选用中温或低温型、早熟性品种，而春季栽培应选择中温或低温型、迟熟性品种。若秋栽选用的是迟熟性品种，接种后须经3～4个月，菌丝才能达到生理成熟，当年秋冬季不会出菇，要到翌年春季才能出菇。同样若春季栽培选用的是中温型、早熟性品种，接种后60～70天发菌，到出菇时，气温升高，不适于子实体形成，就不能出菇。若菌筒完好，可保存越夏，待秋凉后能正常出菇。防治方法：根据当地气候条件和栽培季节选用适宜的品种。
    2、菌丝发育不成熟：菌丝接种到培养基上，当发育到生理成熟时才能形成子实体。菌龄的长短受种性制约和环境条件影响，且温度是影响菌丝生理成熟的关键。中、低温型的菌类，菌丝生长的适宜温度为20～27℃，若菌丝长期处在20℃以下，尤其在10℃以下，虽然菌丝培养很长时间，但所需的积温不够，菌丝发育不成熟，也就不会出菇。防治方法：将菌袋置于20～25℃条件下继续培养，或把菌筒堆积起来，覆盖薄膜提高堆温，促使菌丝发育。
    3、播种期不适宜：不论栽培何种菇，都要选择最佳播种期，一般菇类的播种期为春秋季。我省秋季栽培适宜的播种期在8月中旬至10月。播种太早，温度高易感杂菌;播种太晚，若没有加温条件，因温度低而不可能出菇。春季栽培适宜的播种期在1～3月。若播种太晚，因气温已超出子实体形成所需的温度，也就不会出菇。但可将菌筒置于适宜条件下越夏，待秋季气温转凉时再管理出菇。防治方法：根据当地气候特点，选择适宜的播种期。
    4、菌种退化和制种不规范：由于菌种传代次数过多、过频，或保存不当、保存时间过长，或制作菌种时温度过高等，都会导致菌种优良性状逐渐退化。若使用已退化的菌种，菌丝萌发迟，发菌慢，菌丝抗逆性差，最终不出菇或出菇很少。另一个原因是制种不规范，菌种厂为节省时间，降低成本，将原种再扩制成原种，或将栽培种再扩制成栽培种。这样的菌种在生产上表现出迟迟不出菇。防治方法：生产菌种要严格控制传代次数，一般要控制在4次以内。菌种厂要有生产菌种的基本设施及保存菌种的条件。不允许原种再扩制原种，栽培种再次扩制栽培种。栽培者购买菌种时，要问清品种名称、特性，并挑选生长整齐健壮的适龄菌种，不用退化菌种和老化菌种。自己生产菌种时，要根据栽培时间，计算好菌种生长时间，以免菌种过久存放。