1、杂菌及其防治
（1）青霉和木霉。青霉初期为白色，以后变成浅绿色。木霉一开始即为绿色，以后绿色逐渐加深。湿度高，通风不良，酸性环境易发生。防治方法：可挖掉污染部位，然后洒上多菌灵原粉或生石灰。料内污染，应全部烧掉或深埋。
（2）链孢霉。发生的条件在25～30℃温度下，孢子6小时萌发，形成大量棉絮状菌丝，48小时后产生大量粉红色的分生孢子。防治方法：在培制培养料时用1:500倍多菌灵或霉锈净拌料，可避免发生，如果发生，及早销毁或深埋。
（3）石膏状霉菌。常发生在培养料表面，产生粉状浓密的白色菌丝。防治方法：增加料的磷肥含量，喷洒1:7的乙酸溶液。
2、病害及其防治
（1）非侵染性病害或生理性病害。
菌丝疯长：菌丝表层气生菌丝浓密，影响出菇。形成菌丝风长的原因主要是空气湿度大，通风不良所致。防治方法：加强通风，降低湿度。
平菇的大脚菇：子实体菌盖极小，菌柄粗长。这主要是缺氧、通风不良造成的。防治方法：加强通风，注意光线。
平菇枯萎：菇蕾或子实体生长停滞，逐步萎缩、变干枯死、腐烂。发生的原因主要是水分不足，通风过大。防治方法：增加空气相对湿度，不使料面干燥，通风时切勿让风直吹菇蕾或子实体。
锈斑：平菇菌盖、菌柄上产生锈褐色斑点。发生的原因，主要是通风不良、湿度过大形成的。防治方法：加强通风，降低湿度。
（2）侵染性病害。干泡病（褐斑病）：主要危害其正常生长。其症状为子实体表面产生白色绒毛状菌丝，出现褐色斑点，菌盖萎缩、干裂。防治方法：降低温度，加强通风。病区喷2％甲醛液或1：500倍多菌灵。
3、虫害及其防治
（1）菌蛆。主要危害菌丝体或子实体。菌蝇、蚊等的幼虫都是白色或黄色没有脚的小蛆，会蛀食子实体。防治方法：清除衰老的菌丝体；利用成虫趋光性，设杀虫灯进行诱杀，或喷高效低毒农药，如敌百虫1000倍液喷射，能杀死幼虫和虫卵。
（2）菌螨。属于蜘蛛纲、蜱螨目的一些小虫，个体很小，黄白色，成堆时是淡黄褐色，像灰尘或米糠，繁殖力很强行动迅速，会吃菌丝和菌盖，造成菇蕾枯萎。防治方法：原料充分晒干，周围环境喷敌敌畏，发生后用4％三氯杀螨醇乳剂800倍液喷洒。
（3）跳虫。成虫有灵活的尾部，弹跳如蚤，咬食子实体。防治方法：喷洒0.1％的鱼藤精。
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