在食用菌生产过程中，任何一个环节的某一点上不注意清洁卫生及灭菌治虫工作，就会遭受杂菌病虫的危害，造成减产，甚至全弃。因此，搞食用菌生产，杂菌防治是非常重要的一环，防治方针应“以防为主，防重于治”。
一、原料带杂菌及预防
食用菌的原料，通常为工农业生产的副产品和部分饲料，其营养丰富，适合各种微生物的生长。如果原料保管不善，受潮后更有利于微生物的繁殖。采用这些原料虽经灭菌，因无高压灭菌设备或操作中疏忽，仍不能彻底灭菌，往往出现原料带杂菌。
预防措施：
1、采用新鲜干燥，未生过霉的原料。
2、原料使用前，在阳光下摊晒2天，晒死部分杂菌。
3、草菇用的原料用2%的石炭酸水浸泡12-24小时，可杀死大部分小杂菌。
原料要充分发酵产生70℃以上的高温，也可杀死料中大部分杂菌及虫卵。熟料栽培的黑木耳、银耳、香菇、金针菇及猴头等，高压灭菌，料放在灭菌锅中（不能堆放，放时瓶与瓶或袋与袋之间要有一定的空隙），使其受热均匀，达到灭菌彻底。
二、培养基带杂菌及预防
母种、原种及栽培种的培养基往往灭菌不彻底，几天后，培养基表面和内部同时发生杂菌，而且污染率很大。要使培养基不带杂菌，高压蒸气灭菌时，冷空气一定要排尽，蒸气压力及时间要达到要求；常压蒸气灭菌，计算时间须从培养基已达100℃时算起，并要保持锅内水始终沸腾。
三、菌种带杂菌与预防
母种、原种及栽培种均带有杂菌，用于扩大培养或生产会加重污染，其表现是从接种块上首先发生杂菌，所以要严格挑选不带杂菌的菌种。
各种菌种的颜色是：
母种全斜面为整齐的白色菌丝，若有其他颜色或菌丝之问有空隙，则意味着污染了杂菌，这种母种不能用来扩大原种。当然，草菇母种长的过老，白色菌丝会变成厚垣孢子，使斜面呈红色褐色，这种菌种作母种可以用；
有的平菇菌种在马铃薯葡萄糖培养基上老时，菌丝上会出现分生孢子，使菌丝表面有些黑点，这也是纯种的表现，可以继续使用；
银耳斜面白色菌丝长老了，在营养条件差时，会变成浅白色皱缩状的节孢子，这种菌种，也可作母种用。原种及栽培种全瓶、袋的颜色除银耳及草菇外，均为白色菌丝，有其他颜色则表示被污染了杂菌，或者培养料长有白色菌丝、培养料发粘，瓶或袋底有黄水，则是污染了细菌类杂菌，也不能作为菌种用。
银耳的原种及栽培种，因为加有香灰菌，其菌丝分泌黑色素，所以培养料及瓶、袋壁为黑色，并有黑色的颗粒状香灰菌的子囊菌，有的放出黄绿色的孢子，使料面有黄绿色；同时有大量白色菌丝团，白色菌丝上分泌有黄色或淡褐色水珠即为银耳菌丝，均为纯草菇的原种及栽培种开始为白色菌丝，老化时变成红褐色的厚垣孢子，所以后期菌种呈红褐色，都是纯种的表现。
四、器具带有杂菌及预防
1、装培养料的瓶子和塑料袋等，特别是旧瓶或袋重复使用往往带有大量的杂菌。
应当先用清水浸泡，用刷子清洗后，再用肥皂水刷净瓶内外，然后放到沸水中煮沸30分钟，最好用蒸气（1千克/平方厘米）灭菌30分钟，晾干后再盛培养料。塑料袋应用金星消毒液浸泡，用水冲洗刷净，晾干后盛培养料。这样处理的瓶及袋不带菌，被污染的机会就少了。
2、操作时接种针、铲、刀、勺和环等工具进入瓶、袋或管中都要灭菌。用金星消毒液擦拭清洗，可杀灭杂菌，杂菌很容易带杂菌入培养料中。
五、瓶、袋、管及棉塞污染杂菌及预防
在食用菌生产过程中，因棉塞引起的污染杂菌有以下两种情况：
1、棉塞原来带有杂菌；
2、灭菌时棉塞吸水汽而潮湿，为空气中及棉塞上的杂菌孢子着生繁殖创造了良好的条件。
要使棉塞不带杂菌：
1、新棉花放在太阳下，推开晒2-3天；
2、用过的棉塞，撕松放在波尔多液中浸泡24小时，再晒干。使用这种棉塞，即使在蒸气灭菌后，或长期培养期间有些潮湿，在棉塞上也不会繁衍杂菌；
3、应用灭菌后的余热烘干棉塞，同时另备好换替的灭过菌的棉塞。
六、环境污染杂菌及预防
对接种环境如接种室、接种箱等灭菌不严格，密闭不好侵入杂菌；在培养料运送过程和放置场所，环境不清洁亦可造成污染杂菌。
防止不带杂菌，应当做到如下两点：
1、接种室、接菌箱如果用氯溴复方消毒粉熏蒸，可在短时间内空间达到无菌的状态；
2、 搬运培养料的工具要经过严格消毒擦拭，才不易污染杂菌。
七、操作污染杂菌及预防
若操作者本身的清洁灭菌和无菌操作不符合要求，都可直接成杂菌污染。表现为培养料表面发生杂菌。操作时应当做到：
1、进入接菌室、箱前，首先用肥皂将手洗干净；
2、接菌时要戴上灭菌的帽子口罩，穿上无菌工作服及鞋；
3、操作时，手用0.1%升汞水擦洗灭菌（工作后用水及肥皂洗手）；
4、接菌时不能随便走动及说话，以免空气流动大，易污染杂菌。
八、菇耳房带杂菌及预防
栽培的菇或耳房，特别是老菇耳房，地面、墙壁及顶棚藏有各种杂菌，在培养过程中最易引起污染。要使菇耳房不出现杂菌，每栽培一次菇或耳后，第一要打扫干净，第二要用专用药剂烟熏杀菌。如场地之前感染过其他杂菌，更要用专用药剂严格杀菌，达到杀灭、预防杂菌感染的目的。
九、其他方面污染杂菌及预防
如培养场所高温、高湿而又通风不良等，均可导致杂菌污染严重。应当经常注意培养室温、湿度调节，使其处在食用菌适宜生长发育的范围，并通好风，这样可控制杂菌污染。
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