食用菌种类多，营养价值高，口感好，很受人们喜爱，生产中常见的病虫害较多，主要有：杂菌、真菌性病害、细菌性病害和虫害。防治始终要坚持“预防为主，综合防治”的方针，对各类病虫害采取综合防治措施，确保食用菌的无害化生产。
1、竞争性杂菌的防治
1.1 发生特点
竞争性杂菌主要有绿霉、青霉、链孢霉等，发生在高温高湿通风不畅的菌棚，在培养基质上与食用菌菌丝竞争生长，争夺养分和生存空间而抑制食用菌菌丝生长造成危害。
1.2 防治方法
选用成熟培养料并调至弱碱性，配料时加 0.1%~0.2%多菌灵或克霉灵，严格消毒灭菌和无菌操作，增加菌棚通风量。出菇时，防止高温高湿不透气。发现病症后，及时去掉霉点，用石灰水覆盖住发病部位，并在四周涂抹0.2%多菌灵或0.1%甲基托布津溶液，可有效控制其危害。
2、真菌性病害的防治
2.1 发生特点
食用菌上发生的真菌性病害主要是软腐病。发病时，菇床表面出现白色菌丝，后期变成水红色。在低温高湿环境下，被侵染的菇体畸形，变褐色，直至软腐。金针菇和平菇易感染此病。
2.2 防治方法
培养料进行二次发酵，覆土用巴氏消毒30 分钟，加强通风透气。降低土表和空气湿度，发现病菇立即摘除并集中处理，并在病区喷500倍液的甲基托布津或代森锰锌液，防效较好。
3、细菌性病害的防治
3.1 发生特点
细菌性病害主要是细菌性斑点病，又称褐斑病。在高温高湿、低温高湿、菇棚通风不畅的情况下，均易导致该病发生。发病初期，在菌盖上出现不规则针头大小的褐色小斑点，后扩大为卵形，渐变为深褐色，直到黑褐色，发病严重时引起菇盖变形、开裂。褐斑病多发生在双孢菇、金针菇、平菇上。
3.2 防治方法
严格覆土消毒和用水清洁，空气相对湿度控制在 85%~90%，每次喷水后要注意通风以防菇盖表面长时间积水和处于湖湿状态，一旦发病及时清除病部，然后喷链霉素或含150mg/L的漂白粉水溶液。在平菇上用0.1%克霉灵水溶液喷洒。
4、虫害
4.1 发生特点
食用菌上的害中主要有菇蝇、菇蚊，均以幼虫危害菌丝体影响菌丝体定植和发菌。同时，害虫成虫携带病原菌，又是线虫、螨类等有害生物的传播媒介。菇蝇在24℃时，只需14小时就可完成整个生活史(从卵到蝇)，发生盛期在早秋和晚春菇棚：菇蚊在温暖潮湿环境，幼体可进行无性繁殖，短期内虫量猛增，造成危害。
4.2 防治方法
菇蝇受菇棚香味吸引，并有趋光性，可在菇棚通气孔设防虫网。在门口、窗口和透风薄膜处喷洒敌敌畏。拌料发酵时每吨加入5%二嗪农颗粒剂1000g，可有效除治菇蝇和菇蚊，且对食用菌无残毒：在菇潮间隔期可用2.5%的溴氰聚酯2500~3000倍液喷洒空间、墙壁和床架，每100平米面积用兑水药液12kg，可达到无害化防治效果。
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