通常催菇10d左右，畦面出现大量针尖状原基，原基发生后，0℃以下低温、干燥环境及大风等恶劣条件均会给羊肚菌原基造成不可逆伤害，因此提高原基成活率至关重要，依据需要选择保温棉被、草帘、双层棚等措施增温、抗寒。同催菇期一样，原基保育期需要适量通风，且随着子囊果生长要逐步增加通风时间和通风次数，但在原基保育期尤其要避免湿度骤降、原基萎蔫，保持空气湿度在 85% ～90%，土壤含水量 20% ～ 23%，同时原基生长的最适温度在 10 ～15℃。随着原基继续分化，明显能观察到菌盖和菌柄形态分离，形成幼嫩子囊果。此时，保持环境温度 5～20℃，二氧化碳含量在 400～600ppm 最适宜子囊果生长。当菇蕾长至 2cm 左右时，维持土壤含水量 18%～23%，土粒不发白，空气湿度在 85% ～ 95%。当幼菇继续发育至后期快速生长阶段时空气湿度可调整至80%～90%。羊肚菌幼菇期是决定其商品性的重要时期，避免大水灌溉，补水以沟内滴灌和喷雾为主。