袋栽香菇的培养料常因培养料灭菌不彻底、菌种带杂菌、培养料搅拌不均匀、料袋破口等感染杂菌，会导致香菇减产甚至绝收。生产上必须提前采取合理技术措施预防，以控制杂菌对香菇生产的为害。
感染杂菌的原因：
1. 培养料灭菌不彻底
培养料灭菌不彻底，一般在接种3天后就可看出明显症状，即杂菌不仅在袋料表面出现，而且在袋料内的很多部位发生；香菇菌种的菌丝刚开始吃料生长，杂菌就在袋料的各个部位捷足先登。
培养料灭菌不彻底的原因：
一是灭菌时料袋挤压过紧；二是灭菌时蒸汽流通不畅；三是灭菌期间有降温现象；四是灭菌时灭菌锅内留有死角；五是灭菌时间未达到技术要求。
2. 菌种带杂菌或接种感染
菌种本身已被污染或带有杂菌，其最初症状杂菌不是在培养料上出现，而是在接种块上出现，接着向周边延伸发展。
如菌种纯正无杂菌感染，若发现杂菌开始发生部位在培养料表面的接种处，那么这种杂菌感染现象一般属于无菌操作不严，接种时将外部的杂菌带入袋料而造成。接种感染在袋栽香菇中最为常见，其原因是接种操作时，未按无菌操作技术规程进行。
3. 培养料搅拌不匀或料袋破口
在栽培袋料制作过程中，培养料配制时，水分搅拌不均匀，湿料中夹有干料、木屑、短枝条；即使整个灭菌过程都符合技术规程要求，也难以灭菌彻底，从而导致杂菌感染。
料袋破口有以下几种情况：
一是装培养料的塑料袋的制作原料里掺有再生料，使得塑料袋上有微孔；二是培养料没有充分过筛清理，培养料中的尖刺物扎破了料袋；三是搬运料袋过程中，碰破了料袋；四是料袋扎口松开。
此外，袋料在发菌期间，如果空气相对湿度大于70%或通风不良、温度超过30℃均会造成杂菌感染，并迅速蔓延。
具体预防措施：
措施一：净化环境并选用合格料袋
香菇菌种接种室、培养室要与栽培原料仓库、配料场、菇房保持一定距离，或有良好的防止杂菌感染的隔离屏障，并注意保持环境卫生，及时消灭周边的病、虫、草害。
用于香菇生产的塑料袋不仅要求制作原料合格，而且要求塑料袋厚薄一致、大小规格合适。
措施二：培养料要配制合理，装袋要迅速
① 培养料的各种原料要求新鲜、无霉烂变质。
② 培养料充分过筛，清除所有木屑、短枝条及其他尖刺原料。
③ 培养料配方科学合理，搅拌均匀。
④ 培养料拌好后尽早装袋，以免放置时间过长，导致培养料酸败变质，引起杂菌感染；一般情况下，配制好培养料要在4 h之内装袋完毕并进入灭菌程序。
措施三：培养料灭菌要彻底
培养料装入塑料袋后，及时进入灭菌程序；生产上一般使用常压灭菌，料袋在灶内要摆放平稳合理、留有气道；料袋灭菌的开始阶段要使培养料的温度尽快上升到100℃，保持12 h以上，中间不能降温，做到高温足时。
措施四：搬运料袋小心谨慎
在料袋的搬运过程中，不仅要求工作人员小心谨慎，而且要求搬运工具光滑无尖刺，以免扎破料袋，还要检查料袋扎口是否松开。
措施五：香菇菌种要纯并严格按无菌操作规程接种
香菇菌种生产人员要严格执行操作技术规程和菌种检验管理制度，以保证菌种的纯度；到设备齐全、技术水平高、信誉好的正规香菇菌种生产单位去购买香菇菌种，并选择菌丝粗壮、菌龄适当、无病虫害的优良菌种。
接种人员、接种工具、接种室、接种箱均严格按技术规程消毒；无菌操作要规范，接种要快速，一批袋料未接种完毕，接种工作人员不得进出接种室。
此外，袋料发菌期间，环境温度尽量控制在20～28℃、空气相对湿度要尽量控制在70%以下，而且要求环境黑暗、空气新鲜；避免出现30℃以上的高温、70%以上的空气相对湿度、通风透气不良等有利于杂菌生长繁殖的环境条件，以促进香菇菌丝健壮生长，抵御杂菌侵入感染。
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