催菇后，在大棚内悬挂黄板、诱虫灯诱杀害虫。对蛞蝓、蜗牛等软体动物，可在地表撒施四聚乙醛。

 

出菇阶段最先在畦面出现盘菌（地碗菌），预示羊肚菌子实体也开始发生；畦面上少量的伞菌，危害不大，但大量发生时，应及时手工清除。土壤湿度过大，特别是大水漫灌的田块，容易在子实体上形成大量白色霉菌，致使子实体慢慢腐烂，这是镰刀菌、拟青霉菌等病原菌的危害症状，这时应该保持良好的通气，降低土壤含水量和空气相对湿度，抑制病原菌大量繁殖，一般不要施用农药控制。