羊肚菌原基期的病虫危害一般以杂菌污染和鼠害为主，此阶段的主要工作是保持种植地湿度恒定在70%～80%，并时刻观察羊肚菌菌丝生长状况，如发现菌丝生长较弱，可在浇透水前撒一次草木灰刺激原基形成。

 

杂菌污染初期出现的症状多为种植床面或营养袋内零星长出绿色、黑色或红色霉菌，若不及时处理有可能危及整个床面，造成羊肚菌可用营养减少，并抑制羊肚菌菌丝生长，最终影响产量。鼠害主要表现为营养袋被老鼠咬破，袋内营养料被吃空，丧失外源营养供给作用，同时老鼠携带的病菌发生传播，形成杂菌污染，最终造成减产。

 

杂菌污染产生的原因有以下几种：一是土壤处理不到位，土壤中的杂菌没有得到有效控制；二是菌种没有完全长满菌袋，部分培养料上羊肚菌没有形成优势菌落，使得培养料在接触外来杂菌后产生污染；三是菌种和营养袋灭菌不充分或者在运输途中破损，自身携带杂菌，播种后带入种植地；四是种植操作不规范，消毒工作不到位，种植人员或种植工具上携带杂菌；五是营养袋立袋时间过早，菌丝还未生长到床面，在营养袋破口处没有第一时间形成优势菌落。

 

杂菌污染初期小规模发生时，可拣出受污染的菌袋和营养袋，并在原地撒少量生石灰，做到早发现早处理；后期若大规模发生，需在拣出受污染菌袋和营养袋的同时，用拌有少量生石灰的土壤重新覆盖受污染床面，隔绝外部环境影响，防止进一步扩散。鼠害需加强日常巡视，一经发现，即刻放置老鼠夹、粘鼠板、鼠药等及时解决。