1. 温度管理：羊肚菌子实体在8-22℃条件下均能生长，以12-18℃为最好，最适宜的温度为12-15℃，温度过高或过低，原基都不易形成，而且子实体也长不好，对产量、品质都有影响，还会出现冻死或枯死的现象。温度过高，子实体肉薄、柄长、商品价值低；温度过低，子实体生长缓慢、个体大，肉厚。
2. 水分管理：羊肚菌出菇阶段的水分管理主要是对空气相对湿度管理以及土壤含水量的管理。应保持空气相对湿度在85%-95%，子实体才能健康。同时，土粒表面须保持湿润状态，不粘手，湿土含水重控制在20%-23%之间。
子实体原基形成后不能直接向畦面喷水，否则原基会大量死亡。这时只能在空气中喷少量细雾或用雾化器增加空气湿度。如果土壤湿度过低，就不能形成原基，可在走道的沟内少量灌水，增加土层内的含水量。
3. 空气管理：羊肚菌子实体需要足够的新鲜空气，若使用塑料大棚或塑料薄膜覆盖以及室内栽培都必须满足羊肚菌生长所需的空气要求。塑料大棚要保持棚内良好的通气状态。
4. 光照管理：羊肚菌子实体适宜在三分阳七分阴的环境中生长，全黑的条件或阳光过强直射甚至暴晒条件下，都不利于子实体的形成和生长，因此后期遮阳网和各色地膜都要取掉才能出菇。
5. 虫害管理：南方地区容易发生虫害，最好把营养袋清除，不要继续保留在土面，否则容易孳生跳虫、线虫等。出菇期间可继续悬挂黏虫的黄板、安装诱虫灯诱杀各种害虫。绝对不能使用任何农药。
6. 杂菌管理：出菇阶段在畦面最先出现的可能是一些盘菌，预示羊肚菌子实体也开始发生；菇床上也会出现少量伞菌，较多时应手动清除。此外，若土壤湿度过大，容易在子实体上形成大量白色霉菌，致使子实体慢慢腐烂，这是镰刀菌、拟青霉菌等病原菌的危害，这时应该保持良好的通气，降低土壤含水量和空气相对湿度，抑制病原菌大量的生长繁殖。一般不要施用农药控制。
羊肚菌成熟后，就到了采收环节了。羊肚菌商品菇的菌盖长度不宜超过7厘米，要求是3-5厘米；新鲜菌柄长度为3-5厘米；整菇长度为7-12厘米时应及时采收。
在采收时，要采大留小，用手、刀片、剪刀从菌柄的底部整齐切断，保留菌柄基本在土内，以免损伤附近的原基及幼菇。
采收后应立即进行整理，用刀片削去泥脚，除去病菇、畸形菇、破损菇，按照大小、色泽进行分级晾晒。
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