菌种的退化是由于微生物细胞内的DNA 结构发生了变化，从而使由DNA决定的性状发生相应的变化。菌种的退化的原因可归结为内因和外因两个方面，即自身变化和环境影响。菌种退化会导致菌丝体生长缓慢，对环境、杂菌等的抵抗力变弱，子实体形成期提前或推后，出菇潮次不明显等现象。防止菌种退化，可以提高产量，减轻病虫害的发生、发展，减少农药用量，是生产有机双孢菇的基础。记者咨询了相关专家，防止菌种退化主要有以下几个方法：
    1.培养菌种的环境温度不能超过28度，培养好的菌种在常温下存放时间不宜超过半个月。
    2.切实掌握好培养基出菌的时间和温度，防止破坏营养成分，酸碱度要适宜。
    3.要经常更换培养基，如麦秸或稻草、鸡粪、棉籽壳、麦麸等培养基原料要相互交替使用。
    4.原种不要一次用完，分次取用，余下的低温保存，防止传代过多。
    5.每年应选择个体大、生长正常、健壮无病虫的子实体进行一次组织分离，从中选优去劣，扩大接种生长。