食用菌菌丝繁殖快，易变异，菌种贮藏难度较大。现介绍几种效果很好且简单易行的菌种贮藏法。
　　液体石蜡贮藏法：选用化学液体石蜡，高压灭菌后放入40℃恒温箱中数小时或干燥器中数日，用无菌吸管或注射器吸取液体石蜡，注入菌种试管。注入量应高出斜面尖端1厘米左右，塞上棉塞，用蜡封好，直立贮藏在低温处，可贮藏5年。
　　麸皮贮藏法：称取一定量的麸皮加水或营养液后拌匀即可使用。水、麸皮装入试管，高压灭菌后接入菌种，放在适温下培养。菌丝体发育好后，将试管放入干燥室温下进行干燥。干燥后放在20℃以下干燥处保藏，可贮藏3~5年时间。
　　生理盐水贮藏法：将菌种接入马铃薯培养液中，每250毫升三角瓶装60毫升培养液，振荡培养或每天摇动5~10次，培养5—7天，然后将形成的菌丝球移入装有5毫升无菌生理盐水的试管中，每管约移入4—5个菌丝球，塞上棉塞，用蜡封好管口，置低温下，可贮藏1年。
　　麦粒保藏法：取优质小麦，淘洗后浸入20℃水中泡5小时，稍加晾干，装管。装入量以管长的1/4到1/3为宜，灭菌，趁热摇散，冷却后接入菌丝体，适温培养至大多数麦粒上出现稀疏菌丝时终止培养。置于25℃以下干燥处，可贮藏1~2年。