食用菌的菌种是用孢子或子实体组织、菌丝组织体萌发而成用来当做播种材料的纯菌丝，通常则是指进过人工培养的纯菌丝体（摘自常明昌主编《食用菌栽培学》）。食用菌菌种的最初则是来源于对新鲜蘑菇子实体的分离，所以在食用菌的人工制种中，组织分离法成为食用菌制种的基本方法，组织分离法的理论依据是细胞的全能性，即任何细胞在适宜条件下都能发育成新个体。实际上，组织分离下的纯菌丝体，存在被杂菌污染的可能。
    食用菌菌种不纯主要有两个方面原因。一方面，严格无菌的菌种分离过程是相对的，绝对的无菌环境是相当难得到的，这使分离下的菌种存在杂菌的可能；另一方面，尽管我们对分离蘑菇的子实体进行了表面消毒，并且取就中间的分生能力较强的部分，但是不同的蘑菇子实体依然还可能存在共生细菌。
    菌种不纯严重的影响了食用菌的生产。一方面将直接加大食用菌生产污染率，增加食用菌生产的成本，显著影响食用菌栽培农户或食用菌生产企业的经济效益；另一方面，共生细菌的存在是造成食用菌栽培和生产重复率低的一个显著因子，在食用菌第一、二个周期生产中，细菌处于劣势共生体，随着共生细菌对环境的适应能力的提高，杂菌会成为与蘑菇争夺袋料营养的主要对手，进而造成污染率升高，影响食用菌生产的可持续发展。
    所以，菌种纯化是食用菌菌种生产中必要的环节。我们进行菌种纯化的主要要以下两种方法。
    1、对分离下的母种进行液体二次培养
    将分离下的母种接种于装有不添加琼脂的PDA培养基的试管中，进行室温培养3d后检查，如果培养液在摇晃下是清澈的，则说明是该菌种纯的，可以用于食用菌生产，如果在摇晃条件下培养液是浑浊的，则说明共生细菌是存在的，弃之不用。
    2、对分离下的母种进行培养基分割培养
    首先用3 mm厚的牛皮纸将培养皿隔成两部分，两边各倒入PDA培养基，使培养基面刚好与纸相平，保证表面不能流通，然后将分离下的母种接到一边，而通过气生菌丝上到另一边的菌丝为纯菌丝体，可用于食用菌生产。
    菌种制作工作是食用菌生产的源头工作，只有纯化的菌种才能取得食用菌的高效益生产。