金针菇的产量高低，与引进的母种质量好坏关系很大。正常母种的菌丝应该生长整齐，呈现淡白色或较浓白色，菌丝长满后应该呈现白色，菌丝较纤细。在保存母种时应该在菌丝快要长满时放入冰箱，不要待母种菌丝完全长满后才低温保存。若待母种菌丝完全长满后才低温保存，极易使母种在低温环境下快速现蕾，导致母种失去使用价值。在扩繁母种时应该选用没有现蕾的母种，如果母种现蕾，应该选用没有开伞的小菇蕾，完全开伞的母种应该坚决弃之不用，否则可能引起金针菇产量的大幅度降低。
    原种的消毒灭菌一定要彻底金针菇的原种制作可以采用高压灭菌和常压灭菌。高压灭菌一般采用高压锅，很多菇农在高压灭菌方面存在认识上的误区，认为压力越高、灭菌时间越长越好。其实不然，高压灭菌的关键在于锅体内的冷空气是否排尽。正确的做法是在加热开始就将高压锅的放气阀打开，待锅内水沸热气大量从放气阀排出时开始计时，小锅维持10-15分钟，较大锅维持20-30分钟，然后关闭放气阀，待升到1.5个压强时维持90分钟即可达到要求。常压灭菌是目前菇农普遍采用的方式，如果采用玻璃瓶制作菌种，灭菌的时间可以稍短，如果采用塑料袋制作菌种，并且常压锅内没有隔层，那么灭菌的时间就应该适当延长，总的原则是时间宁长勿短。
    学会正确鉴别原种的质量原种的质量好坏一般从菌丝上判断，质量好的原种菌丝浓白，气生菌丝明显，打开后有明显的蘑菇香味。若打开后有异味，菌丝黄白萎缩，应坚决弃之不用。在气温较低的季节，有的原种表面可能会有菇蕾，这类原种的质量没有问题，可以继续使用。如果用玉米粒作原种，在原种顶部及侧面可能会出现爆花现象，经验证明，这种原种一般是产量高而稳定的好原种，可以放心大胆地使用。
    提倡用二级原种接种一般菌种可以做如下分级：母种是一级种，用母种繁殖的菌种是二级原种，再用二级原种繁殖的菌种称之为三级生产种。经验证明，用一级母种繁殖的二级原种直接接种生产金针菇，菌丝发育良好，成功率高，污染率低，后期的金针菇产量明显高、质量明显好。而用三级生产种接种生产金针菇，其各方面的表现都明显不如前者。究其原因，一是一级母种的纯化程度很高，菌龄很短，一般10天左右即可长成，没有隐性污染，不存在老化情况，用它接种的二级原种菌龄一致，再接种生产金针菇，效果自然很好；二是用二级原种再接种三级生产种时，如果挑选不严，极有可能选入带有细菌等隐性污染的菌种，极有可能造成细菌性污染的扩大化，严重影响金针菇的产量。因此在这里建议广大菇农采用二级原种接种生产的方式。