一、提纯。用各种方法分离得到的菌种，在培养基上萌发的新菌丝，有的活力强，有的弱，有的往往带有杂菌，为避免在生产中失败，应提纯后再使用。其方法是：1、多孢杂交的，于无菌区内将健壮、生长快的菌丝体挑起移接到经灭菌过的母种培养基上。2、各种方法分离的，于无菌区内将生长快而健壮的菌丝的尖端部位挑取黄豆大小的菌丝体移接到经灭菌过和母种培养基上。经过提纯的菌丝长满以后，即可供作生产使用。
    二、复壮。食用菌种长期在同一培养基上培养和保藏时间过长，均会导致菌丝生活力降低，为夺取食用菌高产，必须经过复壮才能用于生产，其方法是：1、菌种在低温保藏期间应每隔2到3个月移接一次。2、菌丝在各种营养成份有限的同一培养基上长期培养，因欠缺某种成分而丧失活力，以导致菌种老化，应适时变换培养基成分和比例，既可增强菌种活力，促进良种复壮，又可提高菌种成活率。