有机金针菇的商品价值主要在于第一潮菇和第二潮菇。也就是说，第一、二潮菇的产量与质量决定着种菇的整个经济效益。你所提出的问题在有机金针菇栽培过程中普遍存在，在生产中应多加注意才好。
    菌丝长满袋以后，应有个抑菌和后熟的过程，这样才能保证出菇整齐一致，提高金针菇的产量和质量。具体操作方法是：
    菌丝长满袋以后，不要急于出菇，待菌丝再生长7～8天，进行后熟，并给予3～5天低温刺激。菌袋表面出现琥珀色水滴和棉花状物(菌原基)时，这是出菇的前兆，应打开袋口，袋口高度以伸展一半为宜。第一潮菇现蕾时，如果发现有的菌袋有极个别几根特别长的话，不要舍不得，应把它拔掉。这些菇只会消耗营养，没有什么商品价值。菌袋上要盖上黑地膜，每天掀开黑膜2～3次，增大通风量。待菇体较整齐地长至6～8厘米长时，将袋口薄膜全部拉直，仍将黑膜盖好，每天掀开黑膜2～3次通风。
    采收完第一批菇后，应清理菌袋表面残渣，料面上残留的小菇、菌根等要清除干净，再将菌袋表面菌被划破，让菌丝断裂。这即所谓的搔菌，可促进出菇。培养10～15天后，每袋用小铁棒或竹签插3～4个小孔，补水0.2～0.3公斤，保持15～20小时，使培养料补足水分，再将多余的水倒掉，重复第一潮菇的出菇管理。这样可获得高产优质的第二潮菇，也可避免第二潮菇出现侧生现象。
    掌握好栽培季节，适时安排菌种和生产。有条件的地方，可进行反季节栽培，反季节栽培价格高于常规栽培，能得到更好的经济效益。
    选择优良品种。有机金针菇品种易退化，不能使用多次转接、没有进行纯化的品种，购种时要到有菌种生产能力的可靠单位选购。并要学会鉴定菌种质量。
    严格控制培养条件，特别是光线和温度。金针菇是低温结实和恒温结实性菌类，子实体在3～20℃均可生长，最适温度为8～12℃，高温对金针菇生长不利。温度较高时应马上采取遮荫物加厚和浇凉水等措施。为了生产出优质金针菇，必须保持在黑暗的条件下栽培，这样才能保证菌盖和菌柄的色泽正、品质好。但有少量的散射光对子实体生长有促进作用。
    采取必要的辅助措施，如加盖报纸或黑膜，保持黑暗和适当的氧气供应，利用自身的二氧化碳浓度抑制菌盖开伞和促进菌柄伸长等。