1 自然选育
    自然选育也称为评选法或淘汰法，是指通过人工选择菌种自然产生的优良性状的育种方法。自然选育法是最古老的，也是最简便的、应用最广的选育菌种的方法。广东省微生物研究所的育种工作者从野外采集子实体，经组织分离选育出V23、V5等菌株，便是用该种方法的典范。
     自然选育主要包括如下步骤：  
   （1）在自然界采集野生菌株的子实体，或从人工栽培的草菇中挑选性状优良的子实体；                                          
    （2）对采集回来的子实体进行组织分离、转管，把性状优良的子实体留作母种；
   （3）将母种扩大培养成原种和生产种；
   （4）做出菇试验，经过初筛、复筛,把出菇早、出菇均匀、粒大、菇形好、产量高的菌种筛
选保留；
   （5）小面积试种，检验一致性和稳定性；
   （6）中试和区试；
   （7）新品种鉴定或审定，大面积推广应用。
    2  孢子分离法育种
     孢子分离法主要是利用草菇成熟的有性孢子萌发成菌丝来获得菌种，是一种很有实用价值的有性繁殖育种方法，如与自然选育法交互使用，可以有效地防止菌种老化、退化。孢子分离法可分为多孢子分离法和单孢分离法。
     2.1 多孢子分离法
     多孢子分离是把许多担孢子一起接种在同一灭菌培养基上，让其萌发后自由结合而获得纯菌种。
    多孢分离法主要包括如下步骤：
  (1) 种菇的选择和消毒处理，选择形态正常、发育健壮、无病虫害、包被刚刚开始破裂的草菇子实体作为种菇，用75%酒精对种菇表面进行消毒；
（2）收集担孢子，可采用孢子采集器法、钩悬法、菌褶上抹法、试管印模法收集担孢子；
（3）多孢子培养，根据可育性菌株的菌丝生长初期透明无色、纤细、分枝性强、爬试管壁能力强、生长速度快，生长后期变灰白至白色、较粗壮、呈棉絮状或全绒毛状、气生菌丝旺盛、产生少量或大量的红褐色厚垣孢子，移植后生长正常的培养特征，筛选出符合条件的菌株培育成母种；
（4）将母种扩大培养成原种和生产种；
（5）进行出菇试验，经过初筛、复筛,把出菇早、出菇均匀、粒大、菇形好，产量高的菌种
筛选保留；
（6）小面积试种，检验一致性和稳定性；
（7）中试和区试；
（8）新品种鉴定或审定，大面积推广应用。
    2.2 单孢分离法
    单孢分离就是将采集到的孢子群分开培养，让其单独萌发成菌丝而获得纯菌种的方法。曹裕汉通过对草菇有性分离选育种研究，选育出草菇菌株V40，表明草菇孢子分离菌株在菌丝形态、生长速率、产厚垣孢子能力、出菇、产量等性状上存在较大的差异。可以在菌丝浓密、气生菌丝好、能产生大量厚垣孢子的菌株中选择到较高产量的菌株应用于生产，解决草菇生产上出现的菌种老化、退化问题。
     单孢分离法主要包括如下步骤：
   （1）种菇的选择和消毒处理；
   （2）收集担孢子；
   （3）用连续稀释法获得单孢子，单孢子的分离可采用单孢子分离器法和平板划线分离法；
   （4）孢子涂布，将获得的单孢子均匀涂布于灭菌培养基上；
   （5）单孢培养，把单孢子置于35~40℃恒温下培养至长成纯菌丝，然后按可育性菌株的培养特征把符合条件的菌株留作母种；
   （6）将母种扩大培养成原种和生产种；
   （7）进行出菇试验，经过初筛、复筛把出菇早、出菇均匀、粒大、菇形好、产量高的菌种筛选出来保留；
   （8）小面积试种，检验一致性和稳定性；
   （9）中试和区试；
   （10）新品种鉴定或审定，大面积推广应用。