食用菌菌种保藏可有效保持其优良种性，延长优良品种使用的年限，因此，它与新品种的选育具有同等的重要性，是食用菌生产中的一项必不可少的重要环节。但正规、严格的贮藏方法需要一些设备，对操作技术也有很高要求，对广大的菇农来说，一些简单的土办法更可行，更有推广价值。
    井底低温贮藏 将要贮藏的试管母种，用无菌橡皮塞蘸石蜡封口，装入密闭的广口瓶或塑料袋中扎紧，沉入井底贮藏，可贮藏2～5个月。
    石蜡封口贮藏 把蜡纸裁成6～8厘米见方，放入75%酒精中浸泡l分钟。将已培养好试管种的管口在酒精灯火焰上方旋转灭菌后，用镊子取出蜡纸，扎紧管口。再将包好蜡纸的管口浸入熔化的石蜡中，将蜡纸完全浸入，使蜡纸紧紧封包在管壁上，绝不漏气。待石蜡冷却凝固后，置冰箱或室温下保存。
    玻璃纸封口贮藏 用明胶15克（粘合剂），硫酸铜2克，美蓝1～2滴（指示剂），溶于100毫升热水中，配制成封口剂。将新长满的母种拔去棉塞，管口朝下，蘸上封口剂，贴上用95%酒精浸泡过的玻璃纸，用石蜡熔封。在室温下，菌种至少可保存8个月，并能防止霉菌或螨的浸染。在斜面注入无菌矿油（液体石蜡），可大大延长贮藏时间。
    厩肥贮藏 此法适合贮藏双孢菇等草腐菌类。将腐熟牛粪等堆肥晒干、打碎，取300克干堆肥，用5毫米孔径筛过筛，加1000毫升水调湿，装入试管，占管深1/3～1/2，在0.15兆帕压力下灭菌2小时。确认无菌后，接种，菌丝长满后，放在3℃冰箱内贮藏，每隔2年移植一次。在长期贮藏中，如培养基失水，应将贮藏菌种及时接种在琼脂斜面上进行活化，再继续保存。此法连续贮藏4年后，其生产性状未出现明显变化。