栽培食用菌后产生的废料是一种优质的有机肥，深施后掩埋，可改良土壤。
　　现在，不少菜农为增加大棚土壤有机质的含量，把食用菌废料作为有机肥直接施到了土壤中，但施用后却出现了烧根现象。对此，有些菜农提出了疑问：“食用菌培养料都是熟料，经过了高温消毒，菌丝又充满了菌袋，难道还没有充分腐熟？” 其实，食用菌培养料的高温蒸料过程只是一个灭菌消毒过程，只是将食用菌原料中的各种真菌、细菌、寄生虫卵等经过高温杀死，不具备发酵腐熟的作用。有机肥发酵腐熟需要的温度在60℃－70℃，热量主要由微生物分解产生，它主要的作用是将有机肥中的有机质分解为腐殖酸等活性成分，将固态的氮、磷、钾等在微生物的作用下转化为有利于作物吸收的速效养分。
　　食用菌栽培过程中菌丝可以充满整个菌袋，但现在栽培的食用菌多为中低温型，多在低于18℃的条件下进行栽培。而这样的温度仅仅适合食用菌的生长，不具备发酵腐熟的条件。
　　所以菜农在施用食用菌废料时，要注意先进行堆沤发酵，待其充分腐熟再施用。