（一）搔菌
　　搔菌的目的是保证覆土的疏松结构形成许多易于结菇的小气候，这些小气候是保证双孢菇菇高产与否的关键。他的优点是出菇较齐，易于管理。另一方面减轻出菇前喷水时的劳动量，目前双孢菇工厂大多数都已开始使用搔菌机搔菌，手工搔菌是用 5—150px长2—75px宽的钉耙搔菌，搔菌可使子实体从培养基表面整齐发生。  在覆土层发菌过程中，由于菌丝生长造成呼吸热使水分蒸发，上层菌丝老化，甚至形成菌皮菌膜，阻碍空气相对湿度与内部菌丝接触，对新鲜空气接触不畅，延长出菇时间，即使出菇也不整齐。搔菌后，新生菌丝生命力旺盛，接触新鲜空气、空间相对湿度，集中出菇。一般是搔破土层37.5px，此时土层菌丝体层已完全破坏，但不必担心，当下面菌丝继续上长时会与这些菌丝相融合。搔菌三天后即有米粒般的双孢菇原基逐渐形成。
　　（二）水分管理
　　在搔菌5—7天左右要开始喷出菇水。其技术指标为；菇床面上双孢菇出菇比例达到5--7% ，菇体直径2㎝。每平方米的土层中的菌丝体总重达到1200克以上，出现的幼菇基部菌索不少于15根，土层2㎝以下菌丝体容间度0.5-1.5㎜。有效积温达到300℃以上。出菇水的喷水量的技术参数是㎡4-5升，要分6次进行，每次喷水不要超过1升，喷出菇水要稳妥，否则会造成幼小菇蕾窒息死亡。喷水要结合土层中菌丝的结构，土层前期水分储蓄量以及菌株需水特性等灵活掌握，空气相对湿度控制在75—80%。空气相对湿度过大，菇体易引起铁锈病、水肿病。
　　（三）通风管理
　　由于菌丝体生长旺盛，新陈代谢旺盛，排出的二氧化碳多，需要氧气也多。另一方面由于覆土原因，造成菇床表面环境的条件突然改变，需要大量通风进行气体交换，以满足菇床表面菌丝体的呼吸需氧与排出气体。要保持菇房内空气新鲜，就必须加强菇房通风换气，并减少菇房内空气相对湿度。二氧化碳浓度800-1000ppm.
　　（四）温度管理 
　　子实体生长温度范围为8℃～26℃，最适温度13℃～18℃，超过22℃时生长快，但菇柄徒长，肉质疏松，品质低劣，菌盖很快开展。在较低温度下子实体肥厚，菌肉组织致密，不易开伞，品质较好。