食用菌味道鲜美，不仅具有高蛋白、低脂肪、低热量的特点，素有“素中之荤”之称，且富含多糖、膳食纤维等多种功能性物质，在抗肿瘤、增强免疫力、降血压血脂、抗衰老等方面作用明显。这些特点引起了保健食品和生物制药领域的广泛兴趣。食用菌的深加工品属于中药和保健品的范畴，因此中药和保健品的深加工技术同样适用于食用菌的深加工。
　　01液体深层发酵技术
　　发酵属于生物工程技术范畴，是生物技术转化为生产力的重要途径。它在食用菌功能食品开发中已经得到深入的研究和广泛的应用。目前研究的热点多集中在食用菌液体发酵条件、液体深层发酵动力学研究及发酵所得菌丝的形态学和生理活性物质的研究等。食用菌液体深层发酵技术不仅可以实现食用菌菌丝的批量生产，同时又可以从发酵液中提取多糖、生物碱、萜类、甾醇等多种对人体有利的生理活性物质，为食用菌功能性食品的生产和开发提供了有力保证。
　　02超细粉体技术
　　目前国外对粒径小于３μｍ 的粉体称为超细粉体。超细粉体技术是近几十年来发展起来的一门新技术，物料经超微粉碎后可完整地保持其有效成分。灵芝、茯苓等经超细粉后，增加了多糖、三萜类等有效成分的比表面积，便于人体吸收和利用。金针菇、香菇中膳食纤维含量比较丰富，两者经超微粉碎后，大大提高了膳食纤维的可利用率，显著提高人体的消化吸收率。
　　03微胶囊技术
　　微胶囊技术是一种采用特定设备和特殊方法，把分散的固体颗粒、液滴或气体完全包封在一层微小、半透性或封闭的膜内形成微小粒子的技术。许多食用菌经微胶囊包覆后，更好的控制了其有效成分的缓释速度，增强了其利用率。除此之外，灵芝经微胶囊技术加工后，能屏蔽掉三萜类等物质的不良口感。目前，微胶囊技术广泛应用在食用、医药和生物化工领域。
　　04超临界流体萃取技术
　　超临界流体萃取技术是近年来快速发展的高新技术，其原理是将超临界流体控制在超过临界温度和临界压力的条件下，从目标物中萃取成分，当恢复到常压和常温时，溶解在超临界流体中的成分即与超临界流体分开。目前流行的超临界流体ＣＯ２萃取技术，已在生物、医药等许多加工领域达到实用阶段并且取得了显著成效。超临界萃取技术在萃取灵芝三萜醇、蒙古口蘑多糖的应用上都取得了较好的效果。
　　05生物酶技术
　　生物酶技术是基于酶解作用选择性破坏植物细胞壁，使植物细胞内的成分更容易溶解、扩散，具有成分浸出率高、减少热敏成分损失、降低能耗、减少污染、简化工艺等优势，广泛应用于食品工业、饲料工业、纺织和洗涤等。将生物酶技术应用于食用菌深加工，不仅可以有效破坏食用菌细胞壁的致密结构，提高多糖、蛋白质等功能物质溶出，而且也可酶解大分子物质为小分子物质，以便扩散、去杂，改善产品风味。常用生物酶有纤维素酶、蛋白酶、果胶酶等。
　　06超高压技术
　　超高压技术是食品加工的尖端技术之一，是对以热力加工为主导的传统加工方式的重大变革，不仅有利于保持食物的营养和风味，而且能耗低，代表了食品非热加工的发展方向。研究发现超高压杀菌速度快，效率高，能够钝化内源酶进而阻止食品酶促褐变的发生，同时对食品营养和品质有良好的保持效果。超高压技术具有多重应用效果，其应用越来越广泛。近几年，科技工作者将其延伸到了食用菌多糖、多肽提取及孢子破碎等方面，为食用菌深度开发开辟了新方向。