金针菇料内含水量的多少与产量、质量的高低是成正比关系的。因此，在出菇期改变常规的管理办法，适时加强水肥管理，可取得理想的效果。而金针菇与平菇等栽培管理是不同的，因为出菇期不宜直接向子实体和料内喷水，所以采收菇后培养料内严重缺水，会很难再出菇，很多菇农因此放弃管理，导致产量偏低。所以，水疗养是一个重要举措。
　　一、保水。菌丝发到袋底后，立即开袋搔菌，耙去老菌皮，盖湿报纸或地膜进行保湿催蕾。报纸覆盖的，喷水应少量多次，每天3—4次，以保持报纸湿润；地膜盖的，可向地面和空间喷水，保持空气湿度90％左右。此期每天开窗通风1次，室温控制在10—14℃，经5—7天菇蕾便大量发生。
　　二、喷水。当金针菇子实体长到3—4厘米，进入伸长期后，每天喷水4—5次。喷水量随菇的长大而增加，掌握空气湿度在90％左右（即子实体基部袋壁附有细水珠为宜），促进子实体迅速生长。同时适当通风，采取干湿交替来抑制菇盖增加和促进菇柄伸长。此阶段喷水量应根据天气而定，晴天多喷，雨天少喷，以防因用水过量而发生根腐病、褐斑病和菇体含水过多而降低品质。切忌将水喷洒到菇盖上，发现报纸破损要及时更换，报纸上有积水要立即倒掉，防止菇体接触水滴产生黑斑点，影响商品外观。
　　三、补水。菌袋在头潮菇采收后，含水量下降20％—30％，二潮菇采后下降30％—50％。因此，在第一、二潮菇采收后，要立即向菌袋里注水补湿。棚栽的金针菇一般在采完一茬菇后即可进行补水。其做法是：直接向袋中注射营养水，注水量的多少以采菇量为准，即出完多少菇就补多少水，不可使袋内积水。营养水的配方可以参考平菇营养液的配比。