1、菇房环境恶劣。尤其是老菇房、木质床架菇房、砖混菇房、偏小菇房出现频率较高，可以说明金针菇黑根病和环境存在一定关系，当环境中细菌、霉菌基数较多时，这些杂菌侵染瓶口内部的积水或者残料，进而侵染靠近瓶口内壁的金针菇，形成黑根。
2、催蕾期菇房湿度过大。催蕾期菇房湿度过大，特别是冬季的时候，为了达到适合菌丝恢复和出芽的湿度，金针菇技术员通常会加大湿度，看起来雾气腾腾的状态才能满足料面对湿度的需要，这是冬季和夏季菇房湿度不同的表现形式，而这些漂浮在空气中的雾滴会吸附在瓶口内壁，金针菇长起来后因靠近瓶壁部分水分较大而引起黑根。
3、加湿器雾化颗粒较大。这种情况尤其是采用二流体加湿的菇房表现较多，因为颗粒较大的雾滴随着风机的风会吸附在瓶口内壁，导致金针菇局部积水进而形成金针菇黑根，这种情况和“催蕾期菇房湿度过大”的原因类似，只是和加湿器的关系更大，所以单独作为一条原因。
4、出菇房内循环不好。出菇房内循环不好，或者菇房设计不合理等原因导致的局部湿度过大，或者被冷风吹到那一侧的瓶口内壁出现结露水（这一点请金针菇技术员在菇房仔细观察），这些结露水因为内循环不好而久久不能消失，导致金针菇局部积水进而形成金针菇黑根。
5、瓶口内壁不干净。瓶口内壁不干净，先感染杂菌，进而感染菇体，引起瓶口内壁不干净的原因很多：装瓶机没有调整好、挖瓶效果不好、搔菌冲洗效果不好、栽培瓶上一次使用时染菌率较高等，当然，瓶口内壁不可能绝对干净，主要还是和上面环境、湿度因素结合在一起而容易形成黑根病。
经上所述，金针菇在秋冬季容易出现黑根病的主要原因是：秋冬季空气干燥，需要更大的加湿量才能满足金针菇对湿度的要求，这就导致空气中漂浮的雾滴较多，这是金针菇黑根病的罪魁祸首，这也能解释为什么金针菇黑根病在北方出现的数量比南方多。
总结：菇房彻底清洗、消毒，适当降低湿度，适当加大菇房内循环，在每年金针菇黑根病到来时针对性的采取这几点措施，能够有效降低金针菇黑根病发病率，当然，降低湿度可能会对单产产生影响，能够协调好才是高手。（菇行天下）
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