食用菌杂菌污染是生产中最大的问题，因为食用菌生产周期长，生产工序复杂，每个环节都有可能产生污染，正确分析污染的原因对改进工作，避免再次发生相同的错误，逐步提高成品率有很大的帮助。
第一种情况是蒸料灭菌不彻底造成的污染。
食用菌生产周期长，要保证所有菌包内的杂菌都被彻底杀灭，否则在漫长的发菌过程中会出现严重污染。灭菌不彻底表现是菌棒的料内外都有污染，打开菌包，掰开菌棒里里外外都有污染发生。染菌的种类也多，黑色、灰色、黄色、绿色、橙色、红色各种各样的杂菌都可能有。由于原料杂菌种类繁杂，灭菌不彻底造成的污染也是五花八门，更明显的情况是烂棒多且严重。
蒸料灭菌不彻底是温度和时间没有达到规定要求造成的污染，这种情况下是百分百报废。还有一种情况是装棒完成后因为各种原因没能及时蒸料，杂菌在里面大量繁殖，造成杂菌数量过高，在相同的条件下不能保证彻底杀菌。
部分菌棒蒸料不彻底造成的污染有几种情况：
一是料棒堆积过密，造成蒸汽不能到达造成污染；
二是远离蒸汽的死角位置达不到规定温度造成局部菌棒污染；
三是蒸汽包表面的料棒降温快也容易造成污染；
四是底部冷空气不能得到有效的排除，升温时底部升温慢，降温时底部降温快造成底部杀菌不彻底造成污染；
五是高寒地区和高原地区温度上不去造成灭菌不彻底。
常规方法蒸料灭菌，在高压情况下121度才能彻底杀灭细菌的芽孢，而土法常压蒸料，95度至少要24小时才能保证彻底杀灭。由于大规模生产时菌棒多，菌棒大小不一样，锅炉大小也不一样，实际的灭菌时间要更长，121度要达到3-6小时，常压要达到36小时以上。
第二种情况是菌种造成的污染。
菌种自身带有杂菌，菌种造成的污染也是大面积发生的，与灭菌不彻底不同的是，污染都是从接种点开始生长的，有时会超过食用菌的菌丝，有的会在食用菌菌丝之内。值得注意的是：液体菌种一旦污染造成的后果是覆灭性的全部污染。现在很多企业采用机械接种，接种机的接种口产生污染也和菌种污染的现象是一样的。
第三种情况是接种操作不当造成的污染。
接种环境没有充分消毒杀菌，工作人员的手、衣服、鞋帽、工具等没有彻底消毒，环境空气中有大量的杂菌，在接种过程中这些杂菌会带入到接种点。这类污染的特点是随机性的，但都是在接种点生长出来的杂菌。
第四情况是菌袋刺破造成的污染。
现象是在菌袋表面产生随机的污染，但是掰开棒内部却没有。这是菌袋出现破孔造成的污染。破孔产生的原因：一是木刺扎破的孔；二是输送过程的机械损伤；三是不耐热的膜在高温下造成的融化紧缩造成的孔。
第五种情况是袋口密封不严造成污染。
污染杂菌从袋口处扩散生长，这是封口不严造成，料包蒸料完成冷却时会倒吸外面的空气，如果袋口不密封会吸入空气造成污染。一定要确保袋子口完全密封。手工扎袋子口一定要扎紧，卡扣机卡口要检查卡扣机工作是否正常。选用透气塞的，要注意透气塞是否有破损。
第六种情况是湿度不合适容易导致污染。
尤其水分过大的时候，食用菌菌丝生长缓慢，杂菌尤其是细菌链孢霉容易侵入，如果菌袋内有积水，细菌生长极为迅速，会快速长满整个菌袋，并导致高热烧菌报废。这种问题容易出现在发酵料到熟料工艺转换的时候，长期发酵过程中有水分蒸发，人们习惯加水量偏大，而不发酵直接蒸料的时候必须把水分降下来。
分析杂菌污染和看病一样，找到病根才能治好疾病。生产中要按照标准的蒸料和接种程序生：第一选用可靠的菌种；第二接种环境首先要严格消毒，地面，墙面屋顶在接种前要认真消毒，地面必须洁净无灰尘；第三相关的器具，菌种外层包装，服装鞋帽都要经过消毒；第四接种人员要保持个人卫生，穿消毒的服装鞋帽，手要认真消毒，最大限度减少污染的机会。
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