细胞摇瓶是一种经济实惠的细胞培养工具，主要用于对氧气要求比较高的细胞系，如在悬浮液中培养的细菌、真菌、动植物细胞等。灵芝的液体发酵与菌种制作中也用到了这种工具，在培养时对氧气、接种量也有一定的要求。

1、氧气

深层发酵培养时，菌丝生长快，所以对氧的需要量非常高，在开始11～18小时内，若发酵液中氧含量不能满足灵芝菌丝生长的需要，将会严重影响细胞摇瓶中菌丝的生长。但在发酵初期，发酵液中菌丝量少，所以需氧量也可少些，菌丝进入旺盛生长期时，需要的氧量就增加，这时发酵罐通气量应控制到约0.51（v/v min），即每1m³的发酵液中，每分钟应通入无菌纯净空气约0.51m³。发酵后期，菌丝衰老，代谢能力下降，呼吸量也降低，所以通气量可适当减少。通气发酵培养时，要不断的搅拌，搅拌能使氧气均匀分布在发酵液中，通过搅拌，发酵液中可溶解更多的氧气，菌丝分布也均匀，但搅拌速度不能太快，搅拌速度太快菌丝容易产生损伤。

2、接种量

液体深层发酵培养时，菌丝生长速度与接种量有关，接种量多，菌丝生长快，杂菌感染率低，但菌丝老化快，接种量少，菌丝生长慢，菌丝老化也慢，但若在较长时间中，发酵液中没有足够的灵芝菌丝时，抗菌性就会降低，所以接种量过少时，容易感染杂菌。

此外，在利用细胞摇瓶进行灵芝的液体培养所用的菌种必须菌龄短、生命力旺盛、生长速度快，这样才能缩短发酵周期短，提高经济效益高，菌种生命力强，抗杂菌能力也强。菌龄老、生命力弱、生长速度慢也容易感染杂菌。