一、菌丝稀疏
1. 症状：菌丝表现稀疏、纤弱、无力、长速极慢等现象（在排除细菌污染的前提下）。
2. 病因：种源特性退化、种源老化、种源自身带有病毒病菌、基料营养配比不合理、基料含水量过低、基料pH值过高或过低、培养温度过高、湿度过大等。
3. 防治措施：选用适龄的脱毒菌种，科学合理地调配基料和微量元素，注意基料pH值变化，调控培养室的温度。
二、菌丝不吃料
1. 症状：表面菌丝浓密、洁白菌的基料色泽变褐，并有腐味。
2. 病因：基料配方不合理、原料中有不良物质、基料中水分过大、菌种老化或退化。
3. 防治措施：合理选择原料，配方应科学合理、适量用水、选择适龄的脱毒菌种。
三、退菌
1. 症状：菌丝逐渐失白，继而消失。
2. 病因：种源种性退化、基料中水分偏高、闷热、水大、菌丝自溶。
3. 防治措施：严格控制种源，控制基料含水量在适宜水平，高温季节尽量避免菌袋间的过分拥挤。
四、死菇
1. 症状：子实体尚未发育成熟，个别还很小时便萎缩、变黄，最后死亡，有时甚至成批出现。生理性病害的死菇，手触摸时表面干爽无湿液。
2. 病因：出菇过密，营养不足，出菇室持续高温高湿，通风不良，氧气不足；覆土层缺水，幼菇无法生长；采菇或其它管理操作不慎，造成机械损伤；或者使用农药不当，产生药害都可能引起子实体死亡。
3. 防治措施：根据上述原因，采取相应措施，如改善环境条件，正确使用农药等。
五、不出菇
1. 症状：菌棒发育很好，转色也正常，就是不出菇。
2. 病因：积温不够或者菌种资源有问题，积温必须达到所必需的数量，对于菌种问题更是要根据环境条件进行筛选适合本地生产的高温、低温、广温菌种。
3. 防治措施：确保达到有效积温和选择适宜菌种。
六、烧菌
1. 症状：菌棒里面和表皮发现焦黑色培养料，类似于烧焦一样，导致的不出菇，多发生于夏菇。
2. 病因：因为菌棒内水分多的同时环境温度过高，导致的烧菌现象，诱发原因可能是装袋时积水或者注水刺激出菇未能达成造成的菌袋烧菌。
3. 防治措施：装袋时及时挑选出含水量明显高于一般的袋子（水袋），夏季注水后要确保环境温度不能太高 （低于30℃），否则极易发生烧菌。
七、常见的杂菌类病害
木霉：后期呈墨绿色。
链孢霉：速生恶性菌，后期呈橘红、橘黄或粉红色。
曲霉 （黑曲霉及黄曲霉）：黑曲霉孢子成熟后呈黑色，呈黄绿色的是黄曲霉。
青霉：孢子成熟后呈青绿色。
根霉：后期呈黑色（有假根及匍匐菌丝）。
毛霉：后期呈黑色（无假根及匍匐菌丝，日长速有时达3cm）。
诱发病因及条件：卫生差、环境不洁、污染源较多、培养料含水量大，偏酸、麸皮、玉米面、糖等偏多、原料不新鲜，杂菌基数高。
环境条件：高温、高湿、通气差。
解决办法：多采用多菌灵、托布津、苯菌灵、克霉唑、石硫合剂等，应多种药剂交叉使用以免产生抗药性。
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