黑木耳子实体畸形是一种生理性病害。不同的成因造成的畸形耳的表现也不同。
    一 拳状耳
     病状：原基不分化、耳片不生长，球状原基逐渐增大，也称拳耳、球形耳、栽培上称不开片。
    病因：1 出耳时通风；2 光线不足；3 温差小，划口过深过大；4 分化期温度过低。
    防治措施：划口规范标准；耳床不要过深，草帘不要过厚；分化期加强早晚通风，让太阳斜射光线照射刺激促进分化；合理安排生产季节，早春不过早划口，秋栽不过晚栽培，防止分化期过冷。
    二 瘤状耳
    病状：耳片着生瘤、疣状物，常伴虫害和流耳现象。
    病因：1、高温、高湿、不通风综合作用的结果，虫害和病菌相伴滋生并加重瘤状耳的病情。2、高温、高湿的季节喷施微肥和激素类药物也会诱发瘤状耳。
    防治措施：季节安排得当，避开高温高湿季节出耳，子实体生长期要注意通风，为抑制病菌与虫害滋生，应多让太阳斜射光线照射耳床，高温时节慎用化学药物喷施。
    三 黄白耳
    病状：耳片色淡，发黄甚至趋于白色，片薄。
    病因：1 发线不足，通风不良；2 采收过晚，耳片成熟过份；3 种性不良。
    防治措施：采用林地或全光育耳法；草帘不宜过厚，早晚多通风见光；及时采收，保证质量；生产时选择优质菌种，禁用伪劣菌种或转袋（管）过多的菌种用于生产。
    四 单片耳
    病状：木耳不成朵，三两单片丛生，往往耳片形状不正。
    病因：1、 菌种种性不良。2、栽培袋菌丝体超温或老化。3、培养基配方不当，营养不良或氮源（麦麸子、豆粉等）过剩。4 原料过细，装袋过紧，培养基不透气。
    防治措施：严把菌种关，不购伪劣菌种，不用粮食菌种，防止放射线照射（如铁路安全检查设施）。养菌防止超温，防止菌丝吃料慢而延长养菌期，严格配料配方，不用过细原料，装袋要标准。