经常有菇农会有疑问：“何为净化”，在解决何为净化之前我们首先要了解菌种污染和出菇不良的原因以及接种的特性要求。
　　有专业人士指出，菌种的污染原因大致可分为：培养基污染、菌种本身污染、操作污染、环境污染；从这污染原因我们可以判定，要彻底解决这些问题必须在建立一个环境良好的空间环境下进行科学化管理操作才能很好的避免此类情况的发生。
　　而一般来说出菇不良的症状会在生长过程中出现，但是发病的原因约80%是源于培养工序，20%是生长的原因，为了栽培稳定，培养工序上的管理至关重要，在阻止有害菌类侵入，采取符合食用菌生理特征的管理措施基础上，更要重视健壮菌床的培养。从目前来看，大部分病害都源于灭菌和冷却工序，占全部病害原因的70%左右。
　　对于接种来说，是整个菌类生长过程中特别重要的一个环节，要想最低感染率，接种的环境要求特别高，基本要做到“不带入菌、不存留菌、彻底除菌”。
　　面对上面的一切问题，现主流的一个解决方式就是建设一个“无菌、无尘、合理规范、科学管理”的净化系统工程，从培养基开始到出菇结束建造一个适合菌种生长的空间环境和形成一套完整的科学管理流程。