1. 选地不严谨
羊肚菌是腐生性菌类，对土壤的有机质和酸碱性要求严格。所以选地尤为重要，羊肚菌适合生长在微碱性肥沃的土壤，ph值在6.5-7.5之间，适宜温度为20℃左右，空气相对湿度75-90%，要避免阳光直射，以微弱散射光为佳。
2. 温度及湿度不适
羊肚菌的出菇期大约在每年2-3月份，该阶段白天与晚上的温度相差比较大，对于羊肚菌的生长是非常有利的。羊肚菌在12℃-15℃的温度生长最好，超过10℃-18℃的温度范围，将会降低羊肚菌子实体的生长速度。
羊肚菌生长过程中，适宜的湿度同样非常重要，如空气中的相对湿度低于65%，则会造成羊肚菌空菇，缺少水分，又干又轻，从而影响质量；相对湿度也不能超过85%，湿度过大会减少空气中氧气的成分，导致子实体出现缺氧，对其生长发育产生极大的影响。
3. 光照不适
适当的光照有利于促进羊肚菌子实体的形成，尤其光照在羊肚菌生长过程中是非常重要的，在子实体的生长中，需保证适当的散射光线促进其生长。羊肚菌会向着光照的方向而生长，而光照的强度也决定羊肚菌最后上色的程度。
4. 培育房内二氧化碳含量过多
羊肚菌与所有作物一样，实现良好的生长发育，氧气是不可缺少的，如空气中的二氧化碳的含量过多，则会降低羊肚菌的生长速度。使羊肚菌无法正常生长，出现畸形，甚至还会有腐烂的情况出现。因此，种植过程中需保证周围有足够且新鲜的空气。
5. 播种方法有误
播种有条播和撒播等方式，各有优劣。但是不管什么方式都要求播种时均匀准确地把菌种撒在培养料上，覆土不宜太厚，厚度约为3—5厘米，覆土结束后即可浇水。
6. 营养袋放置方法有误
羊肚菌营养袋的放置至关重要。营养袋放置时间选择在播种后7天左右最合适，摆放营养袋时需要在营养袋其中一面用细棍子错落地戳几个小洞，注意不要让麦子掉落出来。然后，把戳洞的一面紧贴地面放置，若为标准箱面，每箱摆两排营养袋，间隔0.5米，若箱面较大可适当增加营养袋的排数。
7. 通风不合理
根据实验表明，完全封闭的空间与通风性强的空间相比，羊肚菌的出菇率远远低于通风性强的空间。因此可说明，合理的通风是保证羊肚菌出菇的前提，哪怕是在温度较低的天气下也需要至少保证有一小时的通风时间。此外，在种植过程中还需注意的是，不能通大风、猛风，要将风尽量控制柔和。
8. 杂草的处理方式不当
种植羊肚菌对杂草的处理方式可以像其它蔬菜一般，不能将苗床的杂草除掉。羊肚菌可与杂草共同生长，是不需要除草或是松土的。除草有可能会破坏土壤内的菌丝，对羊肚菌生长造成影响。另外，杂草可适当为子实体遮阴，促进生长。
9. 采收方式不当
羊肚菌其实并不是在同一时间内就全部成熟，需经常观察羊肚菌的生长情况，发现菌盖已完全伸展，且差不多出现羊肚的形状时便可采收。另外，采摘羊肚菌时要小心，不要伤到周围还没有成熟的羊肚菌，否则会影响生长发育。
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