菌种的来源，即指菌种最初的分离与获得。在自然界中，食用菌始终和许多细菌、放线菌、霉菌等生活在一起。因此，要获得高纯度的优良菌种，就必须用科学的方法，把食用菌从这些杂菌的包围中分离出来。常用的科学分离方法有孢子分离法、组织分离法和基内菌丝分离法三种，可根据不同的菌类和生产条件分别选用。

   （1）孢子分离法?孢子分离法是利用菇体成熟的有性孢子（担孢子）或无性孢子（厚垣孢子、节孢子、粉孢子等）萌发成菌丝，来获得纯菌种的一种方法。孢子分离法又分为单孢分离和多孢分离两种方法。单孢分离法是取单个担孢子，接种在培养基上让它萌发成菌丝体，而获得纯菌种的方法；多孢分离法是把许多孢子接种在同一培养基上，让其萌发，自由交配来获得纯菌种的一种方法。

   （2）组织分离法?组织分离法是采用子实体组织，进行分离获得纯菌丝的一种方法。子实体是由菌丝体扭结成具组织化的菌丝，从生物学的角度来看，组织分离犹如高等植物的组织培养和农作物的扦插繁殖。它们均具有较强的再生能力和保持本种性的能力，属无性繁殖范畴。组织分离取材广泛、操作简便、易于成功，经组织分离所得到的后代不易发生变异，一般继代能保持亲本的优良种性。它不仅适用于那些孢子不易萌发或单孢分离难度大的食用菌所采用，而且即使得到的纯菌丝后代和杂交育种获得的新菌株，也需用组织分离方法将其遗传性稳定下来。因此，组织分离是一种获得食用菌纯菌种的简便分离方法。

   （3）基内菌丝分离法?基内菌丝分离法利用菇体生育的基质，作为分离材料而获得纯菌丝的一种方法。其分离材料可从人工栽培出菇的木段或从栽培袋群体中，选择长有子实体的菌袋作为分离材料。在木材或菌袋上割去子实体，从木质部或培养基等部位，分离出菌丝，接入试管内培育而成母种。