食用菌菌种退化是由于菌丝体的遗传物质发生了变异而造成的，表现为菌种突然或逐渐丧失原有的生活力、丰产性能或部分子实体的形态改变，菌丝体生长缓慢，在培养基上出现浓密的白色扇形菌落，对环境条件如温度、酸碱度、二氧化碳量、氧气、杂菌等的抵抗力弱，子实体形成期提前或推后，出菇潮次不明显等现象。引起菌种退化的原因是多方面的，其中菌种不纯，自体杂交造成基因突变是主要原因。另外培养条件如温度过高，不同菌株的混合栽培，转管多代次等都会引起菌种退化。