菌种质量鉴定要从菌种的纯度、长势、菌龄、色泽、均匀度、出菇快慢、菇的质量、产量等方面进行。
    从外观观察，要求菌丝体生长健壮、均匀、菌丝体从菌种块发出，渐向瓶底伸展，直至长满整瓶。菌丝体颜色正常，不同种类食用菌的颜色有差异，有光感，有些品种长到菌种成熟时会出现小菇体或扭结，未见杂菌污染。如果瓶底或壁部菌丝生势弱，或菌丝体生长不到瓶底部，可能是水分过多、或制种时拌料不均匀所至。
    若位于瓶颈的菌丝体特别旺盛，呈棉絮状，颜色不正常，这可能是鬼伞或根霉菌污染。看到瓶底或其他部位有黄、绿色斑点，可能是青霉、曲霉污染。菌丝体收缩，离瓶壁，菌丝体颜色加深，有时看到“菌珠”或底部出现褐色粘状物，应是菌种老化。菌丝体不能向瓶底方向伸展、培养料松散，应是水分不足造成的。当打开菌种瓶观察，应闻到各种食用菌特有的香味，棉塞干爽无异物。
    剔去菌种面层的菌皮，内部的培养物松软结块状为良好菌种。如果不见异物，也估计不是水分的影响，但菌种不能发生发展，则应检查培养料的酸碱度是否合适。如果原菌种块已萌发，但伸展不开，且有异味，挑开培养料，面层有粘胶状感觉，多是细菌感染。