接种后，1-6天菌丝开始萌发定植，此时袋温比室温低1-3℃，室温可控制在28℃，室内相对湿度控制在70％以下。
　　发菌7-15天，菌丝萌发生长4―5厘米，要检查发菌是否正常。如发现杂菌，要及时搬出培养室进行处理，室温保持在24―27℃。注意通风。
　　发菌16―25天，菌丝相连，把菌条抽掉，让氧气直接进入菌袋深处。通氧后，菌温在12小时内迅速升高，管理要点是，打开门窗疏散菌袋，防止高温烧坏菌丝。 　　发菌26―45天，这一阶段是菌袋内瘤状物形成阶段，瘤状物形成厚薄、好坏，直接影响出菇，管理要点是适当打孔增氧，翻堆散热，严防高温烧坏菌丝，温度控制在25℃为宜。谨防30℃以上，如果30―45天没有起瘤状物，证明在这段时间内温度偏高或严重缺氧，将会影响正常出菇。
　　发菌46―60天，是营养转化高峰阶段，管理方法：45天出现转色现象，60天转色结束，伴随着转色，仍有起瘤状物的现象，同时会出现一定量的分泌色素。菌丝由白变棕，即白→棕不能出现黄色，这段时间温度绝对不可升高，否则影响产量。如果种植较晚(秋分后)进入转色阶段，自然气温降得很低，为了保温，多采取关闭门窗不通风或少通风，这样会造成缺氧，转色不好，影响质量。
　　在正常条件下60天转色后开始出菇，直到翌年3月是出优质花菇的最佳时期，若培养室保温好，保证室内空气新鲜，能维持正常发菌温度，可继续培养20天时间，这是进一步提高产量的重要途径。
　　80天后袋内菌皮变为褐色，发菌结束。
　　发菌结束后，菌袋重量下降，是因为失水造成的，因此应将菌袋上均匀地打孔3―4个，压入水中，根据失水情况进行浸袋，一般浸24小时即可。菌丝体在标准条件下培养的时间越长，对提高产量越好，但进人转色中后期(转色70％-80％)不进行催蕾措施处理会影响出菇质量。